物質科学シミュレーションのポータルサイト

MateriApps LIVE!上 でCO2 moleculeとZnO(Wurtzite)の IR and Raman spectra （PHonon/examples/example15 ）を計算する。 準備： Mat…続きを読む

1.はじめに OpenFermionは量子ゲートのモデルを用いて量子化学計算を含めたフェルミオン系の計算を実行するためのソフトウェアです。CirqやPySCFなど、外部ソフトウェアと連携するためのプラグインも整備されてい…続きを読む

はじめに flexible DM-NRGは不純物模型を数値くりこみ群(Numerical Renormalization Group, NRG)によって解く数少ない公開プログラムである。入手方法は、ライセンスに関するWe…続きを読む

はじめに HΦ (HPhi) はいわゆる厳密対角化法に基いた量子格子模型ソルバーであり、基底状態波動関数や励起スペクトルなどを計算できる。 さらに、いくつかの模型や励起演算子については、簡単なテキストファイルを用意するだ…続きを読む

はじめに: Xenonは機械学習を用いて物質探索を行うためのPythonツールです。ここでは、MateriApps LIVE!へインストールし、チュートリアルを実行してみます 使用したバージョン MateriApps L…続きを読む

電子密度を各原子からの寄与に分割する方法には様々なものがあります。その中でも、電子密度の勾配がゼロになる面で分割するBader解析は、Mulliken解析などに比べて基底関数への依存性が小さいなどの利点があり、よく使われ…続きを読む

はじめに 最近テンソル表現に基づく計算がはやりです．よく知られているのは機械学習関係のアプリケーション開発に使われるツールボックスである TensorFlow です．マーケットははるかに小さいですが，物性科学計算でもテン…続きを読む

1. はじめに pymatgenは結晶構造やバンド構造などの各種物性データを簡単に取り扱うことができるPythonライブラリである。様々なクラスが導入されているが、そのうちの一つとして、MPResterクラスという物質材…続きを読む

Introduction Gromacsは分子動力学シミュレーションを行うオープンソースソフトウェアである. タンパク質や核酸などの生体分子の動力学計算に便利な機能を多数有しており, 生物や製薬の分野でよく用いられている…続きを読む

はじめに LAMMPSは代表的なオープンソースの分子動力学ソフトウェアの一つであり, 固体やソフトマターなどの物性評価に広く用いられている. 原子・分子だけでなく, レナード・ジョーンズ型の相互作用をもつ粒子系や連続体模…続きを読む