はじめに:

Xenonは機械学習を用いて物質探索を行うためのPythonツールです。ここでは、MateriApps LIVE!へインストールし、チュートリアルを実行してみます

使用したバージョン

MateriApps LIVE! バージョン 2.4 (Debian Buster, Python 3.5)
XenonPy バージョン0.3.1

XenonPyのMateriApps LIVE!へのインストール:

VirtualBoxの設定

デフォルトではMateriApps LIVE!には1GBのメモリが割り当てられています。XenonPyのインストールには1GBでは不足するので、メモリ割り当てを2GBに増やしておきます

Oracle VM VirtualBox マネージャ画面から
MateriAppsLive-2.4-amd64を選択
「設定」ボタン→「システム」ボタン→「マザーボード」タグ
メインメモリーを2048MBに増やし、「OK」ボタン

以下、MateriApps LIVE!にログインし、LX Terminalを開いて作業します

ディレクトリ等の準備

$ sudo mkdir -p /usr/local/lib/python3.5
$ sudo ln -s python3.5 /usr/local/lib/python3
$ echo '/usr/local/lib' | sudo tee /etc/ld.so.conf.d/local.conf
$ sudo ldconfig

Python3用のRDkitのインストール

$ sudo apt -y install libboost-system-dev libboost-iostreams-dev libboost-python-dev libboost-serialization-dev
$ cd $HOME
$ wget https://github.com/rdkit/rdkit/archive/Release_2019_09_3.tar.gz
$ tar zxvf Release_2019_09_3.tar.gz
$ cd rdkit-Release_2019_09_3
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 -DRDK_INSTALL_INTREE=OFF -DRDK_INSTALL_STATIC_LIBS=OFF ..
$ make
$ sudo make install

(私のパソコンでは1.5時間ほどかかりました。)

Numpyのバージョンアップ

$ sudo pip3 install -U numpy==1.13.3

Cythonのインストール

$ sudo apt install cython

XenonPyのインストール

$ sudo pip3 install --no-cache-dir xenonpy

XenonPyのチュートリアルの実行

以下、XenonPyチュートリアル https://xenonpy.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html を参考しながら実行します

Materials API のキー取得

https://materialsproject.org にアクセスする
右上の Login をクリック
Googleアカウント、Githubアカウント、あるいはメールアドレスとパスワードを設定してアカウント作成してログイン
ログインしたら、右上の Dashboard をクリック
「Generate API Key」の下に表示されている鍵(16文字の文字列)を控えておく

サンプルファイルの取得

$ mkdir $HOME/XenonPy
$ cd $HOME/XenonPy
$ wget -O - https://github.com/yoshida-lab/XenonPy/archive/master.tar.gz | tar zxf - --strip-components=2 XenonPy-master/samples

チュートリアルの実行

$ cd $HOME/XenonPy
$ jupyter-notebook

以下、XenonPyチュートリアル https://xenonpy.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html に従い、チュートリアルを実行