QDS (Quantum Dynamics Simulator)。分子磁性体の磁化曲線と電子スピン共鳴吸収スペクトルを計算するプログラム。スピン間の磁気相互作用や形状などを入力することで、厳密対角化法と量子マスター方程式・久保公式を組み合わせた計算を行う。動的磁化曲線の計算では散逸の有無を選択可能。
Phase-field法シミュレーションを行うオープンソースアプリケーション。状態相図、結晶成長、一次相転移に伴う微小構造の形成など、物質科学に関わる多くの問題を取り扱うことができる。C++で書かれたコードがGPLライセンスで公開されており、拡張性を意識した開発が進められている。
確率的グリーン関数法に基づいた経路積分モンテカルロ計算を行うアプリケーション。拡張ボーズハバード模型やハイゼンベルグ模型の、有限外場有限温度での計算が行える。JSON やYAML による簡便な入出力が可能。
進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ESPRESSOかGULPを外部ルーチンとして使用する。
テンソルネットワークの縮約処理についてのMATLAB関数。入力としてはテンソルネットワークとネットワークを単一のテンソルまたは数に縮約する方法を記述した縮約列を受け取る。出力としては単一のテンソルまたは数を返す。この関数はプレプリントのソースをダウンロードする事で入手可能。
液体の統計力学理論に基づいた溶媒中の物質構造解析プログラム。溶質分子周りの溶媒の確率分布を求め、溶媒和自由エネルギーや圧縮率、部分モル容積などの種々の物理量を計算する。大規模並列計算に対応した高速フーリエ変換を実装し、他の手法では予測が難しいタンパク質の分子認識や生体高分子の水和構造などの解析が可能。
任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。
マルチカノニカル分子動力学法を用いて第一原理計算の結果を最大限再現する原子間ポテンシャルを構築するソフトウェア。シリコン、イオン結晶、金属、水など様々な物質に対応するポテンシャルが用意されており、使用者が用意したポテンシャルも利用できる。必要な第一原理計算は通常xTAPPを用いるが、他の計算ライブラリも利用可能。
高分子や無機材料などの構造・物性に関する材料データベース。物質・材料研究機構が運営を行っており、材料の結晶構造、種々の物性値、相図などのデータをウェブベースのユーザーインタフェースにより提供している。高分子や無機材料のデータベースの他、状態図や電子構造の計算データベースも提供する。無料であるが、要登録。
オープンソースの分子動力学計算アプリケーション。生体高分子や溶媒などの多数の分子・原子からなる系の分子動力学シュミレーションを実行できる。多くの力場セット・アルゴリズムを実装しており、OpenMPによる並列計算にも対応。Javaによるグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も付属している。