物質科学シミュレーションのポータルサイト

Unix/Linux上で要コンパイル
京, FX10, 一般のPCクラスタ(Linux/Unix)

プレインストール済みの環境:

東京工業大学 学術国際情報センター
名古屋大学　情報基盤センター
九州大学　情報基盤研究開発センター

詳細は以下のページにあります。

http://www.hpci-office.jp/pages/appli_modylas

安藤 嘉倫(名古屋大学 大学院工学研究科), 小嶋 秀和(名古屋大学 大学院工学研究科),
山田 篤志(名古屋大学 大学院工学研究科), 吉井 範行(名古屋大学 大学院工学研究科),
岡崎 進(名古屋大学 大学院工学研究科), 藤本 和士(立命館大学),
岩橋 建輔(分子科学研究所), 水谷 文保(分子科学研究所)

任意の分子集合体。特にナノおよびバイオ分野の分子系。例えば溶液、ミセル、脂質膜、タンパク質、高分子、ウイルス等

系の軌跡、構造、自由エネルギー等の諸熱力学量

分子動力学法

MPI並列・OpenMP並列に対応。
MPI並列のプロセス数はWeb公開版1.0.3では２のn乗（n≥1）のみ対応。
OpenMP並列のスレッド数は任意の数に対応。 GPGPUにはOpenACCレベルで対応済み（現時点ではWeb上での公開はしていない）。
Xeon-Phiには対応中（JHPCN課題）。

• 古典分子動力学法

Y. Andoh, et al., J. Chem. Theo. Comp., 9, 3201-3209 (2013)

ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備えている。高効率の超並列計算が可能であり、数万原子から1000万原子を超える系までの長時間計算ができる。自由エネルギー計算にも対応している。

PAL:http://pal.ims.ac.jp/pal/8000.php?t_application_id=1UAD

Modylasの開発者・安藤さんに聞く