2次元・3次元データの解析・可視化を行うオープンソースアプリケーション。3D表示を利用したインタラクティブな操作による処理と、バッチ処理による処理の双方をサポートしており、デスクトップPCから大規模並列スーパーコンピュータまで対応している。Windows, Mac, Linuxなどの多くの環境で利用可能。
OS、エディタ、計算物質科学アプリケーション、可視化ツールなどをおさめた Debian Live Linux システム。物質科学シミュレーションに必要な環境がひとつのパッケージとして提供されている。仮想マシン VirtualBox 上で起動することで、第一原理計算、分子動力学、量子化学計算、格子模型計算などのシミュレーションをすぐに始めることができる。
多くの表示機能を備えた汎用可視化アプリケーション。一般的な物体の位置・形状の可視化から、等値面表示やボリュームレンダリング表示のような高度な可視化まで、様々な可視化を簡単なマウス操作のみで実現できる。モジュールを個別に作成することにより新たな表示機能が付加でき、動画作成にも対応している。
第一原理計算ソフト(OpenMX, TranSIESTA)の出力ファイルからゼーベック係数やペルチェ係数などの熱電物性を計算するアプリ。計算結果を可視化することができるほか、電子密度や状態密度などの可視化も可能。
フェルミ面の可視化を行うアプリケーション。最小限の入力データからFermi面の描画およびFermi面上での任意のスカラー量(Fermi速度の絶対値\(|{\boldsymbol v}_{n {\boldsymbol k}}|\)や超伝導ギャップ\(\Delta_{n {\boldsymbol k}}\)等)のカラープロットを行う。簡単なGUIを備えており、裸眼立体視画像やノーダルライン等の表示/非表示をスムーズに切り替えることができる。
結晶点群および空間群に基づく対称操作と対称性適合多極子基底(SAMB)を自動生成できるPythonライブラリ。QtDrawと連携することで、出力結果を3D描画することもできる。
CIFファイルに記載された原子のサイト占有率に基づいて、指定したスーパーセルでの結晶構造を求めるpythonツール。対称性の観点から非等価な結晶構造を網羅的かつ過不足なく求められる。コマンドラインツールとしても他のPythonスクリプト上のモジュールとしても利用できる。
OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ＆ドロップするだけで構造を可視化することができます。
xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。
分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル（CMLフォーマット）を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。
量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。