peps-torch は２次元格子上の量子モデル計算のための python ライブラリである．バウンダリの無い（つまり無限系の）テンソルネットワーク状態（iPEPS）を変分波動関数とした変分法が使われているので，基底状態波動関数がiPEPS を構成する要素テンソルの形で得られる．エネルギーの評価には角転送行列法（CTM）が用いられ，pytorch を介した自動微分によってその最小化が行われる．可換な対称性を保ったままテンソルを操作するための関数／クラスが用意されている．一般の格子やモデルを標準でサポートしていないが，多くの計算実行例がついているので，直接サポートされていない格子やモデルについては，実行例を参考にユーザが比較的容易にソースコードを改変できるようになっている．pytorch がインストールされていることが必要である．
反対称行列に対して定義されるパフィアン(行列式の平方根)を計算するためのライブラリ。各種言語(Fortran, Python, Matlab, Mathematica)で書かれており、ユーザーは必要に応じて言語を選択することができる。また、C言語用のインターフェースも用意されている。
密度汎関数理論に則った平面波基底・擬ポテンシャル法電子状態計算プログラム。未知の物質に対する様々な物性予測のほか、STM像、EELSなどの実験測定を再現することが可能。表面・界面などの長時間の第一原理分子動力学法計算や反応経路解析も行える。ソースコードが公開されており、ＰＣ上の小規模計算から大規模並列計算まで可能。
第一原理計算ソフトウェアの計算結果から固体のフォノンに関連する物理量を計算するソフトウェア。VASPやWien2kといった第一原理計算ソフトウェアの計算結果を入力とし、フォノン分散、状態密度、比熱、グリュナイゼン定数などを計算することができる。
COMBO(COMmon Baysian Optimization)をもとに、主に物性分野の研究者をターゲットに開発された、高速でスケーラブルなベイズ最適化のためのPythonライブラリ。あらかじめリストアップした候補パラメータから目的関数値が最大と考えられる候補を機械学習による予測をうまく利用することで選定できる。scikit-learn 等のスタンダードなベイズ最適化の実装よりも、多くのデータを扱うことができる。
分子シミュレーションのためのオープンソースアプリケーション。古典・第一原理分子動力学法、経路積分法、レプリカ交換法、メタダイナミクス法、ストリング法、サーフェスホッピング法、QM/MM法など多様な手法をサポートする。分子構造（レプリカ）と力場（断熱ポテンシャル）の間での階層的な並列化により、高速かつ高効率な計算が可能。
分子動力学計算において、自由エネルギー計算を行うオープンソースライブラリ。Amber やLammps など、主要な分子動力学計算ソフトウェアを幅広くサポートしている。
ソースコードの指定区間の実行時間や通信量を測定するためのオープンソースライブラリ。C/C++ および Fortran のAPI が用意されており、またシリアルプログラムだけでなく、MPI & OpenMP ハイブリット並列プログラムでも利用可能。
分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。
Pomerolは厳密対角化法をもとに一粒子、二粒子グリーン関数を計算するアプリ。C++で書かれており、MPI+openMPのハイブリッド並列にも対応している。