TRIQS/DFT tools

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

密度汎関数法(DFT)による第一原理計算アプリと動的平均場法(DMFT)の計算アプリTRIQSの間を橋渡しするインターフェイスツール。Wien2kと組み合わせて自己無撞着なDFT+DMFT計算を行うことができるほか、他の第一原理パッケージで得られたバンド構造を利用してワンショットDFT+DMFT計算を行うことも可能。

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TURBOMOLE

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。RI近似の導入により電子状態計算が高速化されており、基底状態だけではなく励起状態をfull RPA、TDDFT、CIS(D)、CC2、ADC(2)など様々な精度の方法論により計算できる。赤外分光、可視・紫外分光、ラマン分光、円二色性スペクトルなどの分光データの評価が可能。

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USPEX

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP、GULP、siesta、Quantum Espresso、STM4、CP2kなどの第一原理計算アプリケーションを利用し、進化的アルゴリズムをはじめとする種々の手法による構造予測を行う。高圧下の結晶構造解析や、ナノ粒子、表面の構造予測に応用されている。

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Vampire

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

原子レベルからマイクロメートルオーダーまで扱えるマイクロ磁気シミュレーションプログラム。スピンダイナミクスの計算や、モンテカルロ法による位相空間の探索ができる。反強磁性体や合金などの複雑な系を取り扱うことができるほか、オープンソース、オブジェクト指向という特徴を持ち、高速な並列計算が可能。

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VASP

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

PAW型擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージ。広範な物理系に対して、密度汎関数理論に基づく電子状態計算を高速で行うことができる。有償であるが、世界的に多くのユーザーを有し、利用方法について詳しい情報が容易に入手できる。構造最適化・応答関数・化学反応など充実した機能を有する。

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VASP TST tools

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。電荷を各原子に帰属させるBader解析プログラムも含まれている。

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VASPsol

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

溶媒を連続体モデル(陰溶媒モデル)として取り扱った第一原理計算を行うためのアプリケーション。VASPへのパッチとして公開されている。分子動力学計算や、nudged elastic band法による溶媒中の反応障壁への計算に対応する。

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VESTA

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデータフォーマットの出力に対応する。非商用の用途には無料でバイナリ配布されている。

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VisBAR

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆
大規模電子状態計算の後処理データ解析を目的としたPythonスクリプト集。現在公開されているのは「VisBAR Wave Batch」で、多数の波動関数を同時に可視化(等値面表示)できる。Gaussian cube形式のグリッドデータファイルから、画像ファイル(PNG形式等)をバッチ生成する。MPI型並列処理にも対応。
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VMD

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

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