高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトVMDを使用する。AMBER、CHARMMなどの他の計算アプリとのファイル互換性を持ち、様々な計算環境で利用が可能。
全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。
ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。
OS、エディタ、計算物質科学アプリケーション、可視化ツールなどをおさめた Debian Live Linux システム。物質科学シミュレーションに必要な環境がひとつのパッケージとして提供されている。仮想マシン VirtualBox 上で起動することで、第一原理計算、分子動力学、量子化学計算、格子模型計算などのシミュレーションをすぐに始めることができる。
連続時間量子モンテカルロ法によるオープンソースの不純物問題ソルバー。高効率なモンテカルロアルゴリズムによって、不純物アンダーソン模型や動的平均場計算で現れる有効不純物模型の虚時間グリーン関数を高速で計算することができる。プログラム本体はC++によって記述されており、Pythonから呼び出すことができる。
結合クラスター法に基づく量子スピン系の計算を行うオープンソースアプリケーション。量子スピン系の基底状態を適当なモデル波動関数と演算子の積で近似し、演算子を計算する問題に帰着させる。様々な形状の2次元、3次元の量子スピン系の波動関数、基底エネルギーの計算が可能。
磁性評価のためのプログラムパッケージ。結晶場の評価、平均場近似による磁気構造解析や磁化や比熱などの熱力学量の計算、磁気励起の解析など、磁性に関わる様々な種類の物性評価計算を行うことができる。中性子回折実験や共鳴X線回折実験のデータのフィッティング解析も可能で、実験家が利用しやすいパッケージとなっている。
遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。