基本情報

公式サイト

http://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/

ライセンス

GAMESSのライセンス

登録時に同意 http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/License_Agreement.html

利用環境

PCクラスター(RedHat系のOS)

詳しくは https://staff.aist.go.jp/d.g.fedorov/fmo/GAMESS-FMO_J.pdf

開発者

石村和也(分子科学研究所)、河東田道夫(分子科学研究所)、永瀬茂(分子科学研究所)、Dmitri G. Fedorov(産業技術総合研究所)、石田豊和(産業技術総合研究所)、千葉真人(産業技術総合研究所)、永田武史(産業技術総合研究所)、梅田宏明(筑波大学 大学院システム情報工学研究科)、北浦和夫(神戸大学 大学院システム情報学研究科)

対象となる物質・モデル

タンパク質、DNA/RNA、生体高分子、有機低分子化合物との複合体、分子集合体

求められる物理量

全エネルギー、エネルギー勾配、Mulliken population、フラグメント間相互作用エネルギー(PIE)とその成分(PIEDA)、電子密度分布(cubeファイルとして出力)、連続誘電体モデルhttp://ccms.sakura.ne.jp/materiapps/wp-admin/post-new.php?post_type=appによる溶媒和自由エネルギー、電子励起エネルギー

手法

フラグメント分子軌道法(FMO法)

並列化対応

MPI並列に対応(GAMESS独自のインタフェースDDIをラッパーとして利用)。

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文献

D. G. Fedorov, K. Kitaura, J. Phys. Chem. A, 111, 6904-6914 (2007).

その他

全系を小さなフラグメントに分割し、フラグメントとフラグメントペアについてab initio MOの計算を行い、それらの結果を用いて全系のプロパティを計算する。計算時間はシステムサイズにほぼ比例する。

GAMESS: http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/