基本情報
Last Update:2021/03/06
公式サイト
ライセンス
GPLv2
開発者との合意に基づくものとする。
http://cpc.cs.qub.ac.uk/licence/aeoz_v1_0.html
利用環境 | Unix/Linux上で要コンパイル。 通常のPCクラスタ、京、各地のスーパーコンピューター。神戸のFOCUSには、現在(平成25年4月25日)インストール作業中。様々な環境でのインストール法は、 https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Guide/ および https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Supercom/ に記述が有り。 |
---|---|
開発者 | 松林 伸幸(大阪大学大学院 基礎工学研究科)、櫻庭 俊(日本原子力研究開発機構) |
対象となる物質・モデル | 溶液(非水系やイオン液体、超臨界流体も含む)、脂質膜、ミセル、タンパク質、高分子、QM/MM系 |
求められる物理量 | 自由エネルギー、エネルギー分布関数 |
手法 | エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一弱秩序系の自由エネルギー計算・解析 |
並列化対応 | MPI並列・OpenMP並列に対応(ただしOpenMP並列にはオプション指定が必要)。 |
関連キーワード | |
文献 | https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-Theories/ |
その他 | アプリケーションの最大の魅力ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。 |