基本情報

公式サイト

https://sourceforge.net/projects/ermod/

ライセンス

GPLv2 開発者との合意に基づくものとする。 http://cpc.cs.qub.ac.uk/licence/aeoz_v1_0.html
利用環境 Unix/Linux上で要コンパイル。 通常のPCクラスタ、京、各地のスーパーコンピューター。神戸のFOCUSには、現在(平成25年4月25日)インストール作業中。様々な環境でのインストール法は、 https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Guide/ および https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/build-Supercom/ に記述が有り。
開発者 松林 伸幸(大阪大学大学院 基礎工学研究科)、櫻庭 俊(日本原子力研究開発機構)
対象となる物質・モデル 溶液(非水系やイオン液体、超臨界流体も含む)、脂質膜、ミセル、タンパク質、高分子、QM/MM系
求められる物理量 自由エネルギー、エネルギー分布関数
手法 エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一弱秩序系の自由エネルギー計算・解析
並列化対応 MPI並列・OpenMP並列に対応(ただしOpenMP並列にはオプション指定が必要)。
関連キーワード
文献 https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-Theories/
その他

アプリケーションの最大の魅力

ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。