Inelastica

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。

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OpenFFT

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

並列計算機用に開発されたオープンソースの高速フーリエ変換アプリケーション。実数および複素数の3次元及び4次元高速フーリエ変換を任意のノード数を用いた並列計算によって実行する。ノード間の通信が最小となるように自動データ分割を行うことで、多くの計算機環境で優れた並列処理性能を実現している。

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PMlib

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ソースコードの指定区間の実行時間や通信量を測定するためのオープンソースライブラリ。C/C++ および Fortran のAPI が用意されており、またシリアルプログラムだけでなく、MPI & OpenMP ハイブリット並列プログラムでも利用可能。

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GSAS-II

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験の単結晶解析・リートベルト解析を行うアプリケーション。単結晶・粉末試料のX線・中性子回折データから物質の結晶構造モデルを導出する。アプリケーションはPythonで開発されており、グラフィカルユーザーインターフェース(GUI)による操作が可能。

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VASP TST tools

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。

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GSYS

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

グラフ画像から数値データを抽出するツール。GSYSの操作はGUIで行なうことができ、グラフから簡単に数値データを読み込むことができる。

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LOBSTER

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

電子軌道間の化学結合性を評価するCOHP (crystal orbital Hamilton population)およびCOOP (crystal orbital overlap population)を第一原理計算の結果から計算するポストプロセスツール。VASP、ABINITおよびQunantum ESPRESSOに対応する。独自のアカデミックライセンスのもとで提供されている。

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XtalOpt

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するオープンソースアプリケーション。多数の第一原理計算アプリケーション(VASP、GULP、Quantum Espresso、CASTEP)のエネルギー計算を利用し、進化的アルゴリズムを用いて構造予測を行う。

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PolyParGen

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。

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ChemDataExtractor

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

文献から化学物質の情報を自動抽出するPythonツール。英語で書かれた論文などから自然言語処理アルゴリズムに基づき、物質名とそれに関連した融点やスペクトルなどの物性情報を抽出できる。

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