DiffPy

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

粉末回折データ解析のためのオープンソースアプリケーション。結晶・ナノ構造体・アモルファス物質などの回折データから原子座標や原子価数和、化学結合などの情報を求めることができる。Python言語によって記述されており、多機能かつ柔軟性のあるデータ解析・フィッティングが可能となっている。

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ALAMODE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

格子振動の非調和性を露わに考慮した原子間ポテンシャルを構築するプログラムパッケージ。VASPQuantum ESPRESSOなどの第一原理計算プログラムやLAMMPSの計算結果から調和・非調和force constantを推定し、それらをもとにフォノン分散、フォノン状態密度、グリューナイゼン定数、フォノンフォノン散乱強度、格子熱伝導率、有限温度における非調和フォノン、フォノン由来の自由エネルギーなどを計算することが可能。

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BSA

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

スケーリング則をデータに適用することで、臨界現象を特徴づける臨界指数等を自動的に決定する。ベイズ推定に基づく方法は柔軟であるため、臨界領域の全データを用いる事ができ、臨界指数などの推定能力は従来法に比べてかなり高い。

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ATAT

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆
第一原理計算と組み合わせて合金系の解析を行うツール群。クラスター展開法とモンテカルロ法を組み合わせて合金系の自由エネルギーや熱力学相図の計算を行う。Quantum Espresso, VASP, ABINITへのインターフェースを有する。
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Calypso

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA, CP2kなどの第一原理計算アプリケーションの計算結果から、粒子群最適化により構造予測を行う。結晶構造に加えて、クラスタや表面などへも応用されている。

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FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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Nano-Ignition

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。

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FullProf

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子実験のデータから物質の格子定数、原子座標を算出するためのソフトウェア。WindowsとLinuxに対応しており、WindowsにおいてはWinPLOTRというグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。

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RIETAN-FP

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子回折データから格子定数、座標位置を算出する。最大エントロピー 法(MEM)によるパターンフィッティングを特徴としており、乱れた原子配置を持つ物質も効果的に解析可能。WindowsとMacに対応しており、現在も活発に開発が進められている。

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OACIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報(パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン)と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。

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