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PolyParGen

  • 公開度:0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度:2 ★★☆

分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。

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基本情報
Last Update:2021/03/05

公式サイト

http://polypargen.com

ライセンス

無料
開発者 M. Yabe, K. Mori, K. Ueda, M. Takeda
関連アプリ
  • Gromacs
文献
  • M. Yabe, K. Mori, K. Ueda, M. Takeda, Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition Vol. 5, 2018-0034 (2019)
その他 PolyParGenを使用して得られた成果を発表する場合は[1]を引用。PolyParGenはLigParGen[2] と BOSS[3]を使用。
  1. M. Yabe, K. Mori, K. Ueda, M. Takeda, Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition Vol. 5, 2018-0034 (2019)
  2. LigParGen web server: An automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands. Dodda, L. S.;Cabeza de Vaca, I.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue W1, 3 July 2017, Pages W331-W336
  3. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. Molecular modeling of organic and biomolecular systems using BOSS and MCPRO. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1689-1700.
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