タンパク質の立体構造を予測するためのAIシステム。タンパク質の一次配列（アミノ酸配列）からその三次元構造（折りたたみ構造）を予測することが可能。過去の数十万のタンパク質構造データベースを学習し、DeepMindを基盤とするディープラーニング技術を活用して、新しいタンパク質のアミノ酸配列からその立体構造を予測する。
結晶構造の対称性に関連したライブラリ。結晶構造を与えることで、対称操作や空間群、プリミティブセルの検知や、既約波数の生成といった、結晶構造の対称性に関連した操作ができる。C言語で作成されているが、PythonやFortran、Rustなどの様々なインターフェースが用意されている。
固体のバンド計算における波数パスを生成するツール。結晶の対称性に基づいた波数空間中の高対称点を特定し、それらを結ぶ標準化された「パス」を提供する。さまざまな結晶構造のフォーマット（POSCARやCIFなど）に対応しており、多くの電子構造計算ソフトウェア（VASP、Quantum ESPRESSO、ABINITなど）と連携可能。Webベースのインターフェースも提供されている。
分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, Gaussianなどのアプリと連携しており、特にGAMESSによるFMO計算の可視化には必要不可欠なアプリである。グラフィカルユーザーインターフェースによる各種入力ファイルの作成、基準振動の動画表示、遷移状態近傍のエネルギー・構造の可視化などが可能。
ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道（FMO）計算を高速に行えるソフトウェアです。FMOエネルギー計算では、小規模のサーバからHPCIスパコンまで対応しており（Flat MPIとOpenMP/MPI混成）、詳細な相互作用解析が可能です。特に、「富岳」などのA64FX系スパコン上では、Ver. 2 Rev. 4はVer. 1 Rev. 22より2次摂動（MP2）のFMO計算で3割程高速化されており、1万フラグメントの超大規模系の扱いもできます。
分割統治(DC)法に基づくDFTB (Density Functional Tight Binding)計算アプリケーション。大規模分子の構造最適化や分子動力学シミュレーションを線形スケーリングで実行する。MPIとOpenMPを用いたハイブリッド並列計算により、京コンピュータ上で100万原子系のDFTB電子状態計算が可能。
量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論など、様々な量子化学理論を用いた分子の電子状態計算が可能。GAMESS-USをインテル互換CPU 用に特化させたものであるが、最近発展した計算手法(CC法やFMO法など)は含まれない。
巨大分子の構造モデリングのためのGUIプログラム。fumodelとfuplotの二つのプログラムからなる。前者はFMO in GAMESSの入力データ作成支援機能を含む。後者は、FMO計算結果をグラフ描画するためのソフトウェアである。
X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子実験のデータから物質の格子定数、原子座標を算出するためのソフトウェア。WindowsとLinuxに対応しており、WindowsにおいてはWinPLOTRというグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。