TeNPy

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

テンソルネットワークを用いた強相関量子系シミュレーションのためのPythonライブラリ。初心者にとっての読みやすさ、使いやすさと専門家にとってのアルゴリズムの強力さ、高速さを両立する事を目標としている。簡易的なサンプルコード、TEBDやDMRGを説明するためのトイコードも用意されている。

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ChemSpider

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

ChemSpiderは、1億を超える構造、物性、および関連情報への高速アクセスを提供する無料の化学構造データベースで、Royal Society of Chemistryが運営している。

ChemSpiderは、何百もの高品質なデータソースから化合物を統合しリンクすることで、オンライン検索で自由に利用できる化学データを多様なデータソースから簡単に見つけることができる。また、ユーザーはwikipediaのようにデータを追加したり管理したりすることが可能。一方でRoyal Society of Chemistryによる手動キュレーションによって継続的にデータ品質の向上が行われている。

 

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EVO

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ESPRESSOかGULPを外部ルーチンとして使用する。

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OACIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報(パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン)と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。

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OpenMX

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

原子局在基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理計算プログラム。結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して、局在基底を利用した高速の電子状態計算を行う。大規模系に対して分子動力学計算や構造最適化を速やかに実行でき、ハイブリッド並列も実装する。ノンコリニア磁性や非平衡グリーン関数法による電気伝導計算にも対応。

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VMD

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

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Blueqat

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Pythonで書かれた量子ゲートシミュレータ。Blueqatから量子計算用開発ツールQiskitを呼び出すことで、Qiskitを通じ量子ゲート式の量子コンピュータ実機 IBM Qを動かすことが可能。

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QUIP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算のためのソフトウェアツールを集約したパッケージ。様々な原子間ポテンシャルやタイトバインディングモデルが実装されており、多数の外部アプリの呼び出しが可能。機械学習ポテンシャルの一種であるGAP (Gaussian Approximation Potential)の訓練と評価に対応している。

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Demeter

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

X線吸収微細構造解析(XAFS)のためのアプリケーション。XAFSの実験データを多くの手法によって解析することができる。IFEFFITをベースとして豊富な機能(高速フーリエ解析、動径座標や波数空間におけるフィッティング、データの描画機能など)を有し、グラフィカルユーザーインターフェースが充実している。

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Calypso

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA, CP2kなどの第一原理計算アプリケーションの計算結果から、粒子群最適化により構造予測を行う。結晶構造に加えて、クラスタや表面などへも応用されている。

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