生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。
化学構造ファイルのフォーマット変換のためのオープンソースアプリケーション。110種類以上の分子構造フォーマットに対応しており、データベースの利用・構築やケモインフォマティクスなどの情報学などへの応用も視野にいれた活発な開発が行われている。Windows用のグラフィカルユーザーインターフェイスも提供されている。
医薬品開発・構造生物学用のオープンソースアプリケーション。化合物データベース、蛋白質—薬物ドッキング、薬物スクリーニング、薬物の類似化合物探索、蛋白質の薬物結合サイト予測、分子エディター、溶解度などの物性予測、薬物分子合成容易性予測、マルチカノニカル統計などの熱力学量の計算やGPUやMPIによる並列化も利用できる高速分子動力学計算が可能。
遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。
擬ポテンシャル法および全電子計算法に対応したオープンソースの第一原理計算ライブラリ。基底としては、ガウス基底、平面波基底、およびそれらの混合基底を用いることができ、大規模並列計算および線形スケーリングに重きをおいた開発が進められている。密度汎関数法やハートリー・フォック法を初めとする、種々の第一原理計算手法に対応する。
任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。
タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。
励起状態や時間発展に重点が置かれたオープンソースの汎用量子化学計算アプリケーション。時間依存密度汎関数法による励起状態計算や、QM/MM法による計算が行える。超並列計算に対応しており、数万プロセス程度の並列計算を効率よく実行できる。相対論効果の取り扱いやガウシアン基底/平面波基底の選択が可能。
Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。
強誘電体を対象とした高速分子動力学シミュレーター。双極子相互作用を効率よく取り扱うことで、原子変位に関する分子動力学計算を高速に行うことができる。FeRAM(強誘電体ランダムアクセスメモリ)で重要となる数十nmの微細な強誘電性薄膜の物性を、形状や不活性層の効果などを制御しながらシュミレーションを行うことが可能。