Tensordot

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

テンソル縮約コード自動生成ツール.複数のテンソルから構成されるテンソルネットワークを一つのテンソルに縮約するための計算順序を最適化し,そのコードを自動生成する.Pfeiferらによるnetconアルゴリズムを採用しており,高速な最適解探索が可能.生成するコードはNumpyとmptensorに対応している.

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PHYSBO (optimization tools for PHYsics based on Bayesian Optimization )

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

COMBO(COMmon Baysian Optimization)をもとに、主に物性分野の研究者をターゲットに開発された、高速でスケーラブルなベイズ最適化のためのPythonライブラリ。あらかじめリストアップした候補パラメータから目的関数値が最大と考えられる候補を機械学習による予測をうまく利用することで選定できる。scikit-learn 等のスタンダードなベイズ最適化の実装よりも、多くのデータを扱うことができる。

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FEFF

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線スペクトル解析のための第一原理計算パッケージ。実空間グリーン関数法による多重散乱計算を行い、XAFS, XANESなどのX線分光スペクトルの理論予測を行う。グラフィカルユーザーインターフェースが提供されている。ライセンスは有償で提供されている。

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FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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OACIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報(パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン)と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。

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Osaka2k

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

擬ポテンシャル法と平面波基底を用いた第一原理計算アプリケーション。固体結晶から表面・界面まで広い物理系に対して電子状態計算を行うことができる。構造最適化、フォノン分散、第一原理分子動力学法などの計算を行うことができ、スピン軌道相互作用を考慮した電子状態計算も可能。

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MLIP

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

モーメント・テンソルポテンシャルを実装するソフトウェアパッケージ。ポテンシャルの学習および学習済みのポテンシャルを用いたLAMMPSによる分子動力学計算が実行可能。分子動力学計算と組み合わせた能動学習も利用可能。

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FLEUR

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全電子計算法に基づくオープンソースの第一原理計算アプリケーション。周期表のほぼ全ての原子について密度汎関数法による高精度な電子状態計算を行うことができる。LDA+U法、スピン軌道相互作用・ノンコリニアー磁性の取り扱い、GW近似による計算、 cRPA法による有効模型構築にも対応している。

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Chem3D

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

有償の分子モデリング、可視化アプリケーション。定番の分子構造エディタであるChemDrawが同梱されており、化学構造式からのモデリングも可能。分子力学計算による構造最適化・分子動力学の機能の他、MOPAC, Jaguar, GAMESS, GaussianのGUI機能も持ち、分光学的な解析も可能。上位パッケージのChemBioOfficeやChemOfficeにも含まれている。

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VASPsol

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

溶媒を連続体モデル(陰溶媒モデル)として取り扱った第一原理計算を行うためのアプリケーション。VASPへのパッチとして公開されている。分子動力学計算や、nudged elastic band法による溶媒中の反応障壁への計算に対応する。

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