almaBTE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

フォノン-ボルツマン方程式を使って熱輸送特性を評価するアプリケーション。物質のフォノン特性に関するデータベースを有しており、結晶・合金やそれらを組み合わせたヘテロ構造について、熱伝導率や比熱の評価を行うことができる。フォノンのエネルギーごとに伝導度・比熱への寄与を評価でき、実時間応答・定常状態解析も可能。

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J-OCTA

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

ソフトマテリアルに対する統合アプリケーション。OCTAの商用版アプリケーションであり、OCTAの基本機能を有するほか、各エンジンのためのモデリング・解析機能、事例データベース、構造物性相関などのツール群を含む。特に独自に開発された分子動力学ソルバーVSOPは、MPI並列計算による高速な計算が可能であり、広く使われている。

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DCore

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

動的平均場理論による多体量子計算を行うためのツール。予め定義されたモデルに加え、第一原理計算の結果からwannier90やRESPACKによって有効強束縛モデルを構成し、解析することが可能。計算結果を後処理することで、状態密度や波数空間でのスペクトル関数などを表示できる。計算にはTRIQSやALPSCoreなどの外部ライブラリを利用。

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z-Pares

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

z-Paresは一般の疎行列に対して、固有値・固有ベクトルを複素平面上の周回積分(いわゆる、Sakurai-Sugiura法)を用いて求めるアプリ。 z-Paresはfortran 90/95で書かれており、二段階のMPI並列を用いた大規模並列計算をおこなうことができる。

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OpenMX

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

原子局在基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理計算プログラム。結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して、局在基底を利用した高速の電子状態計算を行う。大規模系に対して分子動力学計算や構造最適化を速やかに実行でき、ハイブリッド並列も実装する。ノンコリニア磁性や非平衡グリーン関数法による電気伝導計算にも対応。

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DAWN

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

科学データを分析するためのオープンソースソフトウェア。一次元から三次元まで様々な次元でプロットができ、異なるタイプのデータを重ねてマッピングすることも可能。可視化だけでなく、ピーク検出のためのフィッティングといったデータ処理も行える。テキストファイルやHDF5といった一般的なフォーマットからX線実験などで用いられるNeXusといったデータ形式にも対応している。

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DFTB+

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

DFTB (Density Functional based Tight Binding)法による量子化学計算アプリケーション。通常のエネルギー計算の他、DFTB力場による構造最適化や分子動力学が可能。OpenMPによる並列化が可能で、分子軌道等の可視化ツールも公開されている。MPIで並列化されたバージョンや非平衡グリーン関数法による電子輸送計算を実装したバージョンもある。

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PHASE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

密度汎関数理論に則った平面波基底・擬ポテンシャル法電子状態計算プログラム。未知の物質に対する様々な物性予測のほか、STM像、EELSなどの実験測定を再現することが可能。表面・界面などの長時間の第一原理分子動力学法計算や反応経路解析も行える。ソースコードが公開されており、PC上の小規模計算から大規模並列計算まで可能。

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PyMOL

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, multi-SDFなど30以上のファイル形式をサポートし、レイトレーシングによる描画など高度な可視化も可能。

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Matrix Product Toolkit

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

行列積状態(MPS)を利用して有効格子模型を数値的に解くプログラムパッケージ。一次元量子系の基底状態やその時間発展をMPSを利用した無限系アルゴリズムを用いて数値的に評価することができる。チュートリアルが充実しており、多くの計算例が提供されている。C++によって実装されている。

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