VMD

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

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NTChem

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子科学計算のためのアプリケーション。既存アプリケーションの機能をカバーしつつ、他のプログラムで利用することのできない多くの量子化学計算手法を実装している。数千原子分子系に対する第一原理電子状態計算や数百原子分子系の化学反応過程追跡計算を行うことができ、京コンピュータなどの超並列計算機を利用した高効率並列計算も可能。

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GAMESS-US

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算を行う。無償ながら精力的な開発により高品質・高機能な コードを維持しており、世界的に多くのユーザーを有する。歴史的にGAMESS-UKと共通のコアプログラムを有する。

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JDFTx

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

平面波基底およびJoint DFT法に基づく第一原理計算アプリケーション。液体中の分子の電子状態計算に性能を発揮し、系が帯電している場合でも優れた収束性を有する。C++11で記述されており、CUDAによるGPU計算にも対応しているほか、CASINOと連携した拡散モンテカルロの計算にも対応している。

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GSAS-II

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験の単結晶解析・リートベルト解析を行うアプリケーション。単結晶・粉末試料のX線・中性子回折データから物質の結晶構造モデルを導出する。Windows、Mac OS、Linuxにおいて利用可能で、EXPGUIとよばれるグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。

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Rokko

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

逐次・並列版の固有値ソルバを統一的に利用するためのC++, C, Fortranラッパーライブラリ。密行列向け逐次版(LAPACK), 密行列向け並列版(EigenExa, ELPA, ScaLAPACKなど), 疎行列向けの逐次・並列版(SLEPc, Trilinos/Anasaziなど)のソルバを手軽にインストールすることができ、ユーザーのプログラムから簡単に呼ぶことができる。また、固有値・固有ベクトルを使った物理量の逐次・並列計算を容易に実行することができる。

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PySCF

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Pythonで書かれた電子状態計算プラットフォーム。ユーザーは平均場だけでなく、GW法や結合クラスター法、配置間相互作用法などのポスト平均場を用いたシミュレーションを実行することが可能。BLOCKやLibxcなどの他のソフトウェアへのインターフェイスも提供されている。

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FermiSurfer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

フェルミ面の可視化を行うアプリケーション。最小限の入力データからFermi面の描画およびFermi面上での任意のスカラー量(Fermi速度の絶対値\(|{\boldsymbol v}_{n {\boldsymbol k}}|\)や超伝導ギャップ\(\Delta_{n {\boldsymbol k}}\)等)のカラープロットを行う。簡単なGUIを備えており、裸眼立体視画像やノーダルライン等の表示/非表示をスムーズに切り替えることができる。

 

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FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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Spin Glass Server

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ランダムな相互作用をもつイジング模型 (イジングスピングラス)の基底状態を求めるサービス。相互作用の分布および格子の形状を指定することができる。ウェブページに模型の情報を入力すると、計算結果が指定したメールアドレスに送信される。

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