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RISMiCal

  • 公開度：3 ★★★
  • ドキュメント充実度：2 ★★☆

液体の統計力学理論に基づいた溶媒中の物質構造解析プログラム。溶質分子周りの溶媒の確率分布を求め、溶媒和自由エネルギーや圧縮率、部分モル容積などの種々の物理量を計算する。大規模並列計算に対応した高速フーリエ変換を実装し、他の手法では予測が難しいタンパク質の分子認識や生体高分子の水和構造などの解析が可能。

基本情報
Last Update:2025/02/10

公式サイト

https://rismical-dev.github.io/

ライセンス

MIT Licence

利用環境

Linux, Mac, Ubuntu/Debian for Windows
開発者

吉田紀生（名古屋大学大学院情報学研究科）
対象となる物質・モデル

蛋白質・DNA等の生体高分子水溶液
求められる物理量

水和構造、水和自由エネルギー、疑似ダイナミクス、分子認識
手法

RISM/3D-RISM
関連キーワード
文献

Please cite following papers for your publications including the results obtained by RISMiCal.

  1. Y. Maruyama and N. Yoshida, “RISMiCal: A software package to perform fast RISM/3D-RISM calculations,” J. Comput. Chem., (2024) 45, 1470-1482 (DOI: 10.1002/jcc.27340)
  2. N. Yoshida, “The Reference Interaction Site Model Integrated Calculator (RISMiCal) program package for nano- and biomaterials design,” IOP Conf. Series: Materials Science and Engineerging, 773 (2020),012062 (DOI: 10.1088/1757-899X/773/1/012062)

For GPU code

  1. Y. Maruyama and F. Hirata, “Modified Anderson method for accelerating 3D-RISM calculations using graphics processing unit,” J. Chem. Theory Comput., 8 (2012) 3015-3021 (DOI: 10.1021/ct300355r)

For RISM/3D-RISM-SCF

  1. N. Yoshida and F. Hirata, “A new method to determine electrostatic potential around a macromolecule in solution from molecular wave functions,” J. Comput. Chem., 27, (2006), 453-462, (DOI: 10.1002/jcc.20356)
  2. N. Yoshida, “Efficient implementation of the three-dimensional reference interaction site model method in the fragment molecular orbital method,” J. Chem. Phys., 140, (2014) 214118 (13pages) (DOI: 10.1063/1.4879795)

For placevent

  1. D. Sindhikara, N. Yoshida and F. Hirata, “Placevent: an algorithm for prediction of explicit solvent atom distribution — application to HIV-1 protease and F-ATP synthase,” J. Comput. Chem., 33, (2012) 1536-1543, (DOI: 10.1002/jcc.22984)
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