FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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FPLO

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

局在基底・全電子計算法に基づく第一原理計算アプリケション。通常の全電子計算法(Full-potential LAPW法)に比べ、基底の数を減らしながらも精度を保つことにより、高速の電子状態計算が可能。コヒーレントポテンシャル近似(CPA)による不規則構造の計算ができ、相対論効果やLSDA+Uの取り扱いも可能。

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FPMS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

X線共鳴吸収スペクトルを解析するためのアプリケーション。多重散乱理論を用いることで、エックス線吸収微細構造(XANES)の高精度予測を行うことができる。従来のマフィン-ティン近似による計算がうまくいかない系(SiのK端やSiO2のL端など)でも、良好な結果が得られる。VASPの出力ファイルを利用することが可能。

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fu-suite

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

巨大分子の構造モデリングのためのGUIプログラム。fumodelとfuplotの二つのプログラムからなる。前者はFMO in GAMESSの入力データ作成支援機能を含む。後者は、FMO計算結果をグラフ描画するためのソフトウェアである。

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FullProf

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子実験のデータから物質の格子定数、原子座標を算出するためのソフトウェア。WindowsとLinuxに対応しており、WindowsにおいてはWinPLOTRというグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。

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GAMESS-UK

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック法、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算が可能。イギリス国内でのアカデミック利用のみ無償で、そのほかは有償。歴史的にGAMESS-USと共通のコアプログラムを有するが、それ以降に発展した機能は異なる。

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GAMESS-US

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算を行う。無償ながら精力的な開発により高品質・高機能な コードを維持しており、世界的に多くのユーザーを有する。歴史的にGAMESS-UKと共通のコアプログラムを有する。

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GASP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。

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Gaussian

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

非経験的量子化学計算を行う有償のプログラムパッケージ。多くの量子化学計算理論(ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、配位間相互作用理論など)に基づく分子のシミュレーションが可能。構造最適化や遷移状態計算などを高速で行うことができ、分光学的物理量を容易に得ることができる。世界的に多くのユーザーを有する。

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GaussView

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

有名な量子化学計算ソフトであるGaussianシリーズの純正可視化アプリケーション。有償・ソース非公開だが、分子モデルの構築、パラメータの設定、ジョブの管理、計算結果の表示など、多岐にわたる機能を有する。Gaussianの入力ファイル作成と各種出力ファイルを用いた結果の可視化のほか、Sybyl, Molden, PDB, CIFの構造フォーマットも読み書きできる。

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