AFLOW (Automatic-FLOW)

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

物質科学計算に特化した結晶構造の探索と特性予測のための高効率なフレームワーク。主に密度汎関数理論に基づく計算のセットアップ、実行、結果の解析を自動化することができる。数百万以上の結晶構造のデータを提供しており、材料探索のため高スループット計算に利用可能。さまざまなDFTコード(VASP, Quantum ESPRESSOなど)とのインターフェイスも用意されている。

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MDACP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。

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feram

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

強誘電体を対象とした高速分子動力学シミュレーター。双極子相互作用を効率よく取り扱うことで、原子変位に関する分子動力学計算を高速に行うことができる。FeRAM(強誘電体ランダムアクセスメモリ)で重要となる数十nmの微細な強誘電性薄膜の物性を、形状や不活性層の効果などを制御しながらシュミレーションを行うことが可能。

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DSQSS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

格子上で定義された量子多体系の計算プログラム。連続虚数時間向き付きループアルゴリズムに基づく量子モンテカルロ法により、量子多体系の各種物理量を計算する。格子の形状、相互作用、スピンの大きさ、磁場、温度などを入力する事ができ、量子スピン系とボーズ系のシミュレーションが可能。

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ATAT

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆
第一原理計算と組み合わせて合金系の解析を行うツール群。クラスター展開法とモンテカルロ法を組み合わせて合金系の自由エネルギーや熱力学相図の計算を行う。Quantum Espresso, VASP, ABINITへのインターフェースを有する。
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ALPS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

磁性体や相互作用電子系などの強相関格子模型を取り扱う数値計算ライブラリ。モンテカルロ法、厳密対角化法、密度行列繰り込み群などの代表的な強相関系ソルバーが利用できる。相互作用スピン系の比熱・帯磁率や磁化過程、強相関電子系の状態密度計算などを行うことができる。高効率の並列計算用スケジューラも整備されている。

※サーバーメンテナンスにより、関連リンクを一時的に修正しています。

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Calypso

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA, CP2kなどの第一原理計算アプリケーションの計算結果から、粒子群最適化により構造予測を行う。結晶構造に加えて、クラスタや表面などへも応用されている。

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MARBLE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。

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NAMD

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトVMDを使用する。AMBER、CHARMMなどの他の計算アプリとのファイル互換性を持ち、様々な計算環境で利用が可能。

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FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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