量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。
量子化学計算用の分子モデリング/編集を行うオープンソースアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)による簡易操作で、GAMESS、Gaussianなどの計算化学アプリの入力ファイルの作成、計算結果の出力ファイル読み込みが可能。ベクター画像、POV-Rayなどの出力形式による動画作成も可能。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論など、様々な量子化学理論を用いた分子の電子状態計算が可能。GAMESS-USをインテル互換CPU 用に特化させたものであるが、最近発展した計算手法(CC法やFMO法など)は含まれない。
タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。
分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。
全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。
ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。
局在基底・全電子計算法に基づく第一原理計算アプリケション。通常の全電子計算法(Full-potential LAPW法)に比べ、基底の数を減らしながらも精度を保つことにより、高速の電子状態計算が可能。コヒーレントポテンシャル近似(CPA)による不規則構造の計算ができ、相対論効果やLSDA+Uの取り扱いも可能。
分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。