Gromacs

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

生体分子向けにデザインされたオープンソースの分子動力学パッケージ。たんばく質、脂質、核酸などの生体高分子や溶液・界面系の動力学シュミレーションを行うことができる。温度圧力制御、長距離相互作用計算、自由エネルギー計算等を効率よく行うことができる。並列計算機向けにデザインされているため並列計算も得意とする。

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GSAS-II

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線・中性子回折実験の単結晶解析・リートベルト解析を行うアプリケーション。単結晶・粉末試料のX線・中性子回折データから物質の結晶構造モデルを導出する。アプリケーションはPythonで開発されており、グラフィカルユーザーインターフェース(GUI)による操作が可能。

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GULP

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解析的な微分が用意されている。

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H-wave

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

遍歴電子系を対象に非制限Hartree-Fock(UHF)近似および乱雑位相近似(RPA)を行うためのプログラム。UHF近似は、実空間だけでなく、並進対称性を利用した波数空間での解析にも対応している。一体・二体の相互作用を定義する入力ファイルはWannier90形式に基づいているため、Wannier90RESPACKにより導出されたWannier90形式に従った第一原理有効ハミルトニアンを扱うこともできる

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Harlem

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。

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HiLAPW

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全電子計算法に基づく第一原理計算アプリケーション。広範な物理系に対して、線形補強平面波(LAPW)法を用いた精度の高い電子状態計算を行い、バンド構造や構造最適化などを行うことができる。d電子を含む磁性物質の状態計算に適し、スピン軌道相互作用などの相対論的効果も取り扱うことができる。

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HORTON

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック(HF)法および密度汎関数法(DFT)による量子化学計算を行うことができる。コードの可読性・柔軟性を重視しており、Pythonから呼び出すことができる。二電子波動関数(ジェミナル)に基づく量子化学計算も可能。

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  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

並列計算機に対応した数値厳密対角化法による有効模型ソルバーパッケージ。広汎な多体量子系の有効模型(多軌道ハバード模型、ハイゼンベルグ模型、近藤格子模型など)の基底状態及び低励起状態の波動関数を並列計算によって求める。ランチョス法による基底状態計算、熱的純粋量子状態を利用した比熱・帯磁率の温度依存性計算が可能。さらに、シフト型クリロフ部分空間ライブラリを用いて動的グリーン関数の計算が可能である。ver. 3.0からは実時間発展の機能も追加された。

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ICSD

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

無機結晶構造の有償データベース。FIZ Karlsruheにより運営されており、2016年3月時点で181,000の結晶構造データが登録されている。科学ジャーナル等のデータを元に年2回の更新を行っており、毎年平均して6,000の結晶構造データが追加されている。

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Inelastica

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。

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