原子構造モデリング・シュミレーション管理・可視化などを行うpythonモジュール群。数多くの第一原理計算・古典分子動力学・量子化学計算アプリケーションに対応しており、GUI、コマンドライン、pythonスクリプトなど、複数のインタフェースを備える。LGPLに基いて公開されている。
擬ポテンシャル法と実空間基底を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。広範な系の電子状態計算・バンド計算・構造最適化などを行うことができる。時間依存密度汎関数法(TDDFT)を実装しており、化学反応や外場応答などの電子状態変化を伴う実時間シミュレーションが可能。マニュアル・チュートリアルが充実している。
レイトレーシングを利用した立体感のある可視化を行うアプリケーション。球、立方体など任意の物体の位置と形状が可視化でき、流体計算などで得られる格子上のデータから立体的な可視化をボリュームレンダリングによって行うこともできる。マクロ関数を用いた簡便な3次元立体シミュレータとしての利用も可能。
量子コンピュータのためのオープンソースフレームワーク。量子回路を生成し、シミュレータおよび実デバイスで実行することができる。
擬ポテンシャル法とウェーブレット基底を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。適応メッシュを利用して、大規模な系に対して高精度・高効率の電子状態計算を行うことができる。MPIとOpenMPによる並列計算に加え、GPUによる並列計算も可能。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。SCF/DFT法、CASSCF/RASSCF法、CASPT2/RASPT2法により基底状態や励起状態の計算が可能であるが、特に励起状態のポテンシャルエネルギー面の計算用に設計されている。高速、高精度、頑強なコードとなっており、ソースは公開されている。
医薬品開発・構造生物学用のオープンソースアプリケーション。化合物データベース、蛋白質—薬物ドッキング、薬物スクリーニング、薬物の類似化合物探索、蛋白質の薬物結合サイト予測、分子エディター、溶解度などの物性予測、薬物分子合成容易性予測、マルチカノニカル統計などの熱力学量の計算やGPUやMPIによる並列化も利用できる高速分子動力学計算が可能。
生体分子向けにデザインされたオープンソースの分子動力学パッケージ。たんばく質、脂質、核酸などの生体高分子や溶液・界面系の動力学シュミレーションを行うことができる。温度圧力制御、長距離相互作用計算、自由エネルギー計算等を効率よく行うことができる。並列計算機向けにデザインされているため並列計算も得意とする。
機械学習のためのフリーのライブラリ。多層ニューラルネットワークに基づく機械学習（教師あり学習・教師なし学習）について様々な機能を提供する。データフローグラフを使用しており、複雑なネットワークを分かりやすく記述できる。GPGPU並列計算に対応しており、効率のより大規模データ処理が可能。
補助場量子モンテカルロ法を用いてハバードタイプの模型の有限温度計算を行なうパッケージ。横磁場イジングの場とカップルしたハバード模型の計算も行なうことができる。正方格子、ハニカム格子上のハバード模型の計算例があるなどドキュメントも充実している。