有限要素法を用いた汎用の構造解析アプリケーション。構造体の熱伝導や応力・ひずみについて、静的特性、動的応答・振動応答、非線形挙動などの解析が可能。多様な数値解法を実装し、問題に応じた最適な解法を選択することが出来る。並列処理に対応し、独自のプログラム言語によるカスタマイズも可能。
オーダーN法による第一原理計算アプリケーション。広範な物理系に対して電子状態計算・バンド計算を行うことができる。DFT+U法、時間依存DFT法、分子動力学などをサポートし、ファンデルワールス力やフォノンの取り扱いも可能。補助アプリにより、入力ファイルの生成やファイル形式変換、計算結果の抽出なども行うことができる。
非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。密度汎関数理論、 ハー トリー-フォック法、MP2法による量子化学計算を高速で行う。分子の構造最適化、スペクトル解析、酸解離定数などを評価でき、TDDFT法・CIS法を用いた励起状態計算も可能。同じ開発元による可視化アプリケーションMaestroとの親和性が高い。
有名な量子化学計算ソフトであるGaussianシリーズの純正可視化アプリケーション。有償・ソース非公開だが、分子モデルの構築、パラメータの設定、ジョブの管理、計算結果の表示など、多岐にわたる機能を有する。Gaussianの入力ファイル作成と各種出力ファイルを用いた結果の可視化のほか、Sybyl, Molden, PDB, CIFの構造フォーマットも読み書きできる。
タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。
非経験的量子化学計算アプリケーション。分子構造、反応性、振動解析、電子スペクトル、NMRスペクトルを高精度に計算することができる。また、密度汎関数理論やハートリー-フォック(HF)法からポスト-HF相関法まで最先端の方法論が取り込まれている。GUIによる分子モデリング機能や、入力ファイル生成用のツールも搭載されている。
PAW型擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージ。広範な物理系に対して、密度汎関数理論に基づく電子状態計算を高速で行うことができる。有償であるが、世界的に多くのユーザーを有し、利用方法について詳しい情報が容易に入手できる。構造最適化・応答関数・化学反応など充実した機能を有する。
分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解析的な微分が用意されている。
全電子計算手法を用いた第一原理計算ライブラリ。密度汎関数法に基づく電子状態計算により、固体のバンド計算、構造最適化、分子動力学などを行う。通常の擬ポテンシャル法を用いた計算に比べて計算精度が高く、内殻電子が絡む化学シフトなどの物理量を評価することが可能。開発元と契約を結ぶことにより、有償で利用することができる。
オープンアクセスの結晶構造データベースサイト。有機物・無機物・金属有機化合物・鉱物などの結晶構造データを入手することができる。2017年時点でおよそ40万種の物質構造データを公開している。Web上のグラフィカルユーザーインターフェイスで3次元構造を可視化することも可能。