原子構造モデリング・シュミレーション管理・可視化などを行うpythonモジュール群。数多くの第一原理計算・古典分子動力学・量子化学計算アプリケーションに対応しており、GUI、コマンドライン、pythonスクリプトなど、複数のインタフェースを備える。LGPLに基いて公開されている。
化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA, CP2kなどの第一原理計算アプリケーションの計算結果から、粒子群最適化により構造予測を行う。結晶構造に加えて、クラスタや表面などへも応用されている。
超並列計算機に適した実対称密行列固有値問題の数値計算ルーチン。標準・一般化固有値問題の両方に対応し、固有値問題ライブラリであるELPA・EigenExa・ScaLAPACKのルーチンを最適複合することで、高速計算を達成している。ミニアプリも含まれており、ベンチマークに利用可。
全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。
進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ESPRESSOかGULPを外部ルーチンとして使用する。
クラスター展開法を用いた合金モデリング解析のためのプログラムライブラリ。他の電子状態計算ライブラリによって評価した合金系のエネルギーを入力として用い、第一原理計算の精度を損なうことなく原子配置効果を評価する。基底状態の構造、熱力学量の評価、平衡状態図、温度による不規則化などを高い精度で計算する事が可能。
オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報（パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン）と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。
X線吸収微細構造解析(XAFS)のためのアプリケーション。コマンドラインを用いたインタラクティブな操作により、XAFSの実験データを多くの手法によって解析することができる。高速フーリエ解析、動径座標や波数空間におけるフィッティング、データの描画機能など、豊富な機能を有する。
SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。