分子動力学用に開発された原子・分子の可視化のためのオープンソースアプリケーション。多くの種類の分子配置ファイルに対応しており、原子・分子の可視化やアニメーション作成を行うことができる。多くの解析ツールを有することが特徴で、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)による直観的な操作で様々な処理が可能。
Northwestern大学の研究グループによって作られた、第一原理計算による物質構造や熱力学的性質に関するデータベース。ICSDで提供されている実験での結晶構造だけでなく、計算で得られたものも使用することで、100万個程度のデータが格納されている。Python APIを用いてデータを検索することも可能。
化学構造ファイルのフォーマット変換のためのオープンソースアプリケーション。110種類以上の分子構造フォーマットに対応しており、データベースの利用・構築やケモインフォマティクスなどの情報学などへの応用も視野にいれた活発な開発が行われている。Windows用のグラフィカルユーザーインターフェイスも提供されている。
量子化学計算を量子コンピューティングするためのオープンソフトウェア。第二量子化されたハミルトニアンをqubit形式に変換することができる。ハミルトニアンのパラメータは外部の第一原理ソフトウェアを用いた古典計算により算出される。他の量子シミュレータのアプリに繋げるプラグインも提供されている。
オープンソースの可視化アプリケーション・パッケージ。X window system を用いたGUI アプリとして提供されている。GUI によるカメラの操作だけでなく、描画パラメータの変更や、アニメーションの作成・再生も可能。CDF やNetCDF など、多様なデータフォーマットをサポートしている。
OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ＆ドロップするだけで構造を可視化することができます。
xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。
並列計算機用に開発されたオープンソースの高速フーリエ変換アプリケーション。実数および複素数の3次元及び4次元高速フーリエ変換を任意のノード数を用いた並列計算によって実行する。ノード間の通信が最小となるように自動データ分割を行うことで、多くの計算機環境で優れた並列処理性能を実現している。
イジングモデルとQUBOのヒューリスティック最適化ライブラリ。最適化のコア部分はC++で実装されている。Pythonのインターフェースを備えているため、Pythonで簡単に記述することができる。
流体/連続体計算を行うオープンソースアプリケーション。化学反応、乱流、熱伝導、燃焼などを含む複雑な流体の問題や、固体の熱伝導、応力場、電磁流体などを扱うことができる。並列計算に対応しており、プリポスト処理機能も備える。C++で開発されており、開発・デバッグ効率、メンテナンス性に優れる。
分子シミュレーションのためのオープンソースツール群・データベース。分子動力学計算に用いられる分子間力モデル(分子間力ポテンシャルや力場)の情報を無償でダウンロードできるほか、計算結果のデータやテストツールなどもダウンロードできる。分子動力学プログラムと分子間力モデルをつなぐAPI(Application Programming Interface)も提供している。