PAICS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。生体分子を含む巨大分子のHF計算やMP2計算などが高速に実行可能。MPI並列に対応しており、研究室レベルのクラスタ計算機からスパコンまで、幅広いシステムで高効率に稼働する。入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも開発されている。

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pymatgen

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

物質解析のためのpythonライブラリ。物質構造に関する柔軟なクラスが整備され、結晶構造や各種物性データを効率よく取り扱うことができる。相図・電位pH図・拡散係数解析を行うことができるほか、バンド構造や状態密度などの電子状態解析も可能。Materials Projectと連動して開発が活発に行われている。

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PyMOL

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, multi-SDFなど30以上のファイル形式をサポートし、レイトレーシングによる描画など高度な可視化も可能。

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ParaView

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

2次元・3次元データの解析・可視化を行うオープンソースアプリケーション。3D表示を利用したインタラクティブな操作による処理と、バッチ処理による処理の双方をサポートしており、デスクトップPCから大規模並列スーパーコンピュータまで対応している。Windows, Mac, Linuxなどの多くの環境で利用可能。

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PLUMED

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

分子動力学計算において、自由エネルギー計算を行うオープンソースライブラリ。Amber やLammps など、主要な分子動力学計算ソフトウェアを幅広くサポートしている。

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Parsec

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

実空間基底とノルム保存擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。構造最適化や分子動力学計算、焼きなまし法、分極計算も実装している。

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PARATEC

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

平面波基底とノルム保存型擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。BerkeleyGW と高い互換性を持つ。

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PolyParGen

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。

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Protein Data Bank (PDB)

タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法(核磁気共鳴法)などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。

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