擬ポテンシャル法と平面波基底を用いたオープンソースの第一原理計算ライブラリ。固体の電子状態計算・バンド計算や表面界面の構造最適化など、多くの系に対して密度汎関数理論に基づく第一原理計算を実行できる。チュートリアル・マニュアルが充実しており、無償ながら化学反応や格子振動などの多くの物理量を手軽に計算できる。
原子構造モデリング・シュミレーション管理・可視化などを行うpythonモジュール群。数多くの第一原理計算・古典分子動力学・量子化学計算アプリケーションに対応しており、GUI、コマンドライン、pythonスクリプトなど、複数のインタフェースを備える。LGPLに基いて公開されている。
人工ニューラルネットワークを用いた原子間ポテンシャルに関連したソフトウェア。第一原理計算のエネルギーと物質の構造データからニューラルネットワークポテンシャルを生成できる。生成したポテンシャルはASEなどの分子動力学・モンテカルロシミュレーションに適用することもできる。
量子化学計算用の分子モデリング/編集を行うオープンソースアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)による簡易操作で、GAMESS、Gaussianなどの計算化学アプリの入力ファイルの作成、計算結果の出力ファイル読み込みが可能。ベクター画像、POV-Rayなどの出力形式による動画作成も可能。
E(3)-同変グラフニューラルネットワークを用いたAllegroポテンシャルモデルを構築し、分子動力学計算に利用するためのオープンソースソフトウェア。NequIPに依存しており、NequIPと同様に利用可能。メッセージパッシングを用いずに、局所的な情報のみから原子ごとのエネルギーが計算できるため、スケーリングに優れるとされる。
量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。
ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道（FMO）計算を高速に行えるソフトウェアです。FMOエネルギー計算では、小規模のサーバからHPCIスパコンまで対応しており（Flat MPIとOpenMP/MPI混成）、詳細な相互作用解析が可能です。特に、「富岳」などのA64FX系スパコン上では、Ver. 2 Rev. 4はVer. 1 Rev. 22より2次摂動（MP2）のFMO計算で3割程高速化されており、1万フラグメントの超大規模系の扱いもできます。
Advance/NanoLaboは、Quantum ESPRESSOやLAMMPS、Advance/PHASEなど、各種計算ソルバーをグラフィカルに操作できる統合GUIである。Materials Project他代表的な材料DBを自動検索し、モデリング・計算条件設定が極めて容易に行える。ソルバーで計算された結果は瞬時にグラフィック表示される。
Advance/PHASEは、密度汎関数理論と擬ポテンシャルを用いた平面波展開による第一原理計算ソフトウェアである。量子力学に基づき電子状態を求めるため、精度の高い計算結果を得ることができる。既存材料の分析だけでなく、金属、絶縁体、半導体、磁性体、誘電体、圧電体、他様々な新規材料の設計にも活用が期待できる。
AMBER分子力場を用いた分子動力学シミュレーションパッケージ。ペプチド、タンパク質、核酸、炭水化物、配位子等様々な物質のパラメーターセットを含み、生体高分子や細胞などの動力学シミュレーションが可能。入力準備、シミュレーション、結果解析のソフトウェアから構成されており、広く創薬・生体科学へ応用されている。