基本情報
Last Update:2022/03/07

公式サイト

http://www.cenav.org/abinit-mp-open_ver-2-rev-4/

ライセンス

ABINIT-MPのOpenシリーズのご利用、あるいは開発系コンソーシアムにご関心のある方は、立教大学の望月祐志(fullmoon -at- rikkyo.ac.jp)にメールにてご連絡いただければと思います(-at-@に変換してください)。ご所望の利用形態に応じて、個別に契約書面の取り交わしをさせていただき、ご提供します(Ver. 1 Rev. 22)。

利用環境

Intel IA64系, 富士通 FX系, Windows系, NEC SX系

開発者望月祐志*(立教大学 理学部), 中野達也(国立医薬品食品衛生研究所 医薬安全科学部), 坂倉耕太(計算科学振興財団), 渡邊啓正(HPCシステムズ), 佐藤伸哉(NECソリューションイノベータ), 奥脇弘次(立教大学 理学部)

(*ABINIT-MP取り纏め責任者)

対象となる物質・モデル

タンパク質, タンパク質複合体, タンパク質-薬品分子複合系, 水和凝集系, 分子固体, 結晶モデル(有バンドギャップ)

求められる物理量

エネルギー(HF, MP2, MP3, CCSD(T), 力(HF, MP2, 電子密度(HF, MP2

手法

フラグメント分子軌道(FMO)法(4体展開まで)

並列化対応

OpenMP/MPIハイブリッド並列

関連キーワード
文献

[1]“Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems”, S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 10310-10344.

[2] “The ABINIT-MP Program”, Y. Mochizuki, T. Nakano, K. Sakakura, Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Kato, Y. Akinaga, S. Sato, J. Yamamoto, K. Yamashita, T. Murase, T. Ishikawa, Y. Komeiji, Y. Kato, N. Watanabe, T. Tsukamoto, H. Mori, K. Okuwaki, S. Tanaka, A. Kato, C. Watanabe, K. Fukuzawa (pp.53-67) in “Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method – Enhanced Performance and Applicability”, ed. by Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa, (2021, Springer, Singapore).

その他4体フラグメント展開までが可能な使いやすいFMOプログラム。特別な設定なしに、Linux/Intel系サーバに標準搭載されているMPI環境で動作する。HPCI拠点では、{北大, 東北大, 東大, 東工大, 海洋機構, 名大, 分子研, 阪大, R-CCS, 九大}でライブラリプログラムとして利用可能。Ver. 2系のA64FX向け高速化と大規模系対応は、名大の片桐・大島研究室とのコラボレーションで進行中。