ABINIT-MP

公開度：2 ★★☆
ドキュメント充実度：2 ★★☆

ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道（FMO）計算を高速に行えるソフトウェアです。専用GUIのBioStation Viewerとの連携により、入力データの作成～計算結果の解析が容易に行えます。4体フラグメント展開（FMO4）による2次摂動計算も可能です。また、部分構造最適化や分子動力学の機能もあります。FMOエネルギー計算では、小規模のサーバから超並列機の「京」まで対応しています（Flat MPIとOpenMP/MPI混成）。

基本情報

公式サイト

http://www.cenav.org/abinit-mp-open_ver-1-rev-22/

ライセンス

ABINIT-MPのOpenシリーズのご利用、あるいは開発系コンソーシアムにご関心のある方は、立教大学の望月祐志（fullmoon -at- rikkyo.ac.jp）にメールにてご連絡いただければと思います（-at-を@に変換してください）。ご所望の利用形態に応じて、個別に契約書面の取り交わしをさせていただき、ご提供します。

利用環境	Intel IA64系, 富士通 FX系&OFP, Windows系, NEC SX系(対応中)
開発者	望月祐志（立教大学理学部）, 中野達也（国立医薬品食品衛生研究所医薬安全科学部）, 坂倉耕太（FOCUS）, 沖山佳生（国立医薬品食品衛生研究所医薬安全科学部）, 渡邊啓正（HPCシステムズ）, 加藤幸一郎（九州大学）, 渡辺尚貴（みずほ情報総研）, 秋永宜伸（ヴァイナス）, 佐藤伸哉（NECソリューションイノベータ）, 山本純一（NECソリューションイノベータ）, 山下勝美（元 NECソフト）, 村瀬匡（元 NECソフト）, 石川岳志（鹿児島大学学術研究院理工学域工学系）, 古明地勇人（産業技術総合研究所バイオシステム部門）, 加藤雄司（元立教大学理学部）, 塚本貴志（みずほ情報総研）, 森寛敏（中央大学理工学部）, 奥脇弘次（立教大学理学部）, 田中成典（神戸大学大学院システム情報学研究科）, 加藤昭史（スコーピオンテック）, 渡邉千鶴（理研横浜）, 福澤薫（星薬科大学薬学部）（ABINIT-MP取り纏め責任者 / **BioStation Viewer責任者）
対象となる物質・モデル	タンパク質, タンパク質複合体, タンパク質-薬品分子複合系, 水和凝集系, 分子固体, 結晶モデル（有バンドギャップ）
求められる物理量	エネルギー（HF, MP2, MP3）, 力（HF, MP2）, 電子密度（HF, MP2）
手法	フラグメント分子軌道（FMO）法（4体展開まで）
関連キーワード	フラグメント分子軌道法
文献	S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, and K. Fukuzawa, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 10310-10344.
その他	4体フラグメント展開までが可能な使いやすいFMOプログラム。特別な設定なしに、Linux/Intel系サーバに標準搭載されているMPI環境で動作する。また、煩雑で注意深さを要するフラグメント分割を伴う入力データを随伴GUIのBioStation Viewer（Windows用）を使って容易に作成可能。また、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）などの計算結果は膨大となりプリントからの理解はしばしば困難だが、Viewerを使う事で可視的・直観的に対象系の相互作用の様態を把握出来る。