OpenMX Viewer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ&ドロップするだけで構造を可視化することができます。

xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。

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TC++

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Transcorrelated(TC)法を用いた第一原理計算のためのオープンソースソフトウェア。Jastrow相関因子による電子相関をTC法に基づいて取り込んだ電子状態計算を行える。Quantum ESPRESSOで得られた電子状態を初期状態に設定することも可能。

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Avogadro

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

量子化学計算用の分子モデリング/編集を行うオープンソースアプリケーション。グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)による簡易操作で、GAMESS、Gaussianなどの計算化学アプリの入力ファイルの作成、計算結果の出力ファイル読み込みが可能。ベクター画像、POV-Rayなどの出力形式による動画作成も可能。

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NAP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

分子動力学法、量子・古典ハイブリッドシミュレーション、nudged elastic band法による化学反応経路探索、ポテンシャルパラメータフィッティングなどを行うアプリケーション群。分子動力学アプリケーションは種々の金属や半導体に対応した原子間ポテンシャルを含有しており、空間分割による並列計算に対応している。

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CONQUEST

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

密度行列最適化手法に基づくオーダーN法第一原理計算プログラム。計算コスト(メモリ量・演算量)が計算する系の含む原子数Nに比例する計算法(オーダーN法)を用いているため、数十万原子以上を含む超大規模系に対しても電子状態計算による構造最適化や分子動力学が可能。また並列化効率が高く、超並列計算にも対応。

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OpenMX

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

原子局在基底と擬ポテンシャルを用いた第一原理計算プログラム。結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して、局在基底を利用した高速の電子状態計算を行う。大規模系に対して分子動力学計算や構造最適化を速やかに実行でき、ハイブリッド並列も実装する。ノンコリニア磁性や非平衡グリーン関数法による電気伝導計算にも対応。

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VMD

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質、核酸、脂質二重層などの生体系のモデリング、可視化、解析のためのソフトウェア。Protein Data Bank (PDB)ファイルを読み込むことで生体分子の可視化を行う。分子の描画や色付けについての様々なオプションが提供されており、分子動力学シミュレーションの計算結果をアニメーションにすることも可能。

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XenonPy

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

機械学習を用いて物質探索を行うためのPythonツール。matminerで対応している記述子を使用できるが、化合物の化学組成と構造情報から記述子を算出することもできる。モデル訓練はPyTorchによって行われている。記述子の可視化ツールと転移学習フレームワークも備えており、様々な化合物物性値の予測に利用できる。

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w2dynamics

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

混成展開連続時間量子モンテカルロ法パッケージ。多軌道不純物模型の一体・二体物理量を測定することが可能。動的平均場のPythonコードも提供されている。wannier90形式のハミルトニアンをインプットとして用いる。

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FPSEID21

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

平面波基底とノルム保存型の擬ポテンシャルを用いた第一原理計算ソフトウェア。実時間発展密度汎関数法が実装されており、時間依存する外場による電子・イオンダイナミクスの計算が可能。FPSEID21の形式に従った擬ポテンシャルを用いる必要がありホームページからダウンロード可能。

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