全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
局在基底・全電子計算法に基づく第一原理計算アプリケション。通常の全電子計算法(Full-potential LAPW法)に比べ、基底の数を減らしながらも精度を保つことにより、高速の電子状態計算が可能。コヒーレントポテンシャル近似(CPA)による不規則構造の計算ができ、相対論効果やLSDA+Uの取り扱いも可能。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック法、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算が可能。イギリス国内でのアカデミック利用のみ無償で、そのほかは有償。歴史的にGAMESS-USと共通のコアプログラムを有するが、それ以降に発展した機能は異なる。
非経験的量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論などを用いた分子の電子状態計算を行う。無償ながら精力的な開発により高品質・高機能な コードを維持しており、世界的に多くのユーザーを有する。歴史的にGAMESS-UKと共通のコアプログラムを有する。
非経験的量子化学計算を行う有償のプログラムパッケージ。多くの量子化学計算理論（ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、配位間相互作用理論など）に基づく分子のシミュレーションが可能。構造最適化や遷移状態計算などを高速で行うことができ、分光学的物理量を容易に得ることができる。世界的に多くのユーザーを有する。
有名な量子化学計算ソフトであるGaussianシリーズの純正可視化アプリケーション。有償・ソース非公開だが、分子モデルの構築、パラメータの設定、ジョブの管理、計算結果の表示など、多岐にわたる機能を有する。Gaussianの入力ファイル作成と各種出力ファイルを用いた結果の可視化のほか、Sybyl, Molden, PDB, CIFの構造フォーマットも読み書きできる。
分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解析的な微分が用意されている。
分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。
量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック(HF)法および密度汎関数法(DFT)による量子化学計算を行うことができる。コードの可読性・柔軟性を重視しており、Pythonから呼び出すことができる。二電子波動関数(ジェミナル)に基づく量子化学計算も可能。
SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。