遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。
生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。
生体分子向けにデザインされたオープンソースの分子動力学パッケージ。たんばく質、脂質、核酸などの生体高分子や溶液・界面系の動力学シュミレーションを行うことができる。温度圧力制御、長距離相互作用計算、自由エネルギー計算等を効率よく行うことができる。並列計算機向けにデザインされているため並列計算も得意とする。
分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解析的な微分が用意されている。
ソフトマテリアルに対する統合アプリケーション。OCTAの商用版アプリケーションであり、OCTAの基本機能を有するほか、各エンジンのためのモデリング・解析機能、事例データベース、構造物性相関などのツール群を含む。特に独自に開発された分子動力学ソルバーVSOPは、MPI並列計算による高速な計算が可能であり、広く使われている。
格子動的モンテカルロ法に対応したモデルを指定し、実行するためのアプリケーション。不均一触媒のシミュレーション向けに開発されている。Pythonに対応したAPIを介して利用する。簡易なGUIも同梱する。
S=1スピン鎖のランチョス法による数値対角化パッケージ。TITPACKのコードを内部で使用しており、有限一次元スピン鎖の基底状態・低エネルギー励起状態の固有エネルギーと固有ベクトルを計算する。行列要素を部分空間コーディング法で記述しており、計算時間・メモリ使用量を大幅に減らしている。
オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。
マルチカノニカル分子動力学法を用いて第一原理計算の結果を最大限再現する原子間ポテンシャルを構築するソフトウェア。シリコン、イオン結晶、金属、水など様々な物質に対応するポテンシャルが用意されており、使用者が用意したポテンシャルも利用できる。必要な第一原理計算は通常xTAPPを用いるが、他の計算ライブラリも利用可能。