分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。
密度行列最適化手法に基づくオーダーN法第一原理計算プログラム。計算コスト（メモリ量・演算量）が計算する系の含む原子数Nに比例する計算法（オーダーN法）を用いているため、数十万原子以上を含む超大規模系に対しても電子状態計算による構造最適化や分子動力学が可能。また並列化効率が高く、超並列計算にも対応。
第一原理計算アプリケーションVASPに遷移状態計算機能を付加するパッチ・スクリプト群。化学反応素過程における反応経路や遷移状態の構造、エネルギー、反応速度を計算することができる。電荷を各原子に帰属させるBader解析プログラムも含まれている。
peps-torch は２次元格子上の量子モデル計算のための python ライブラリである．バウンダリの無い（つまり無限系の）テンソルネットワーク状態（iPEPS）を変分波動関数とした変分法が使われているので，基底状態波動関数がiPEPS を構成する要素テンソルの形で得られる．エネルギーの評価には角転送行列法（CTM）が用いられ，pytorch を介した自動微分によってその最小化が行われる．可換な対称性を保ったままテンソルを操作するための関数／クラスが用意されている．一般の格子やモデルを標準でサポートしていないが，多くの計算実行例がついているので，直接サポートされていない格子やモデルについては，実行例を参考にユーザが比較的容易にソースコードを改変できるようになっている．pytorch がインストールされていることが必要である．
分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, Gaussianなどのアプリと連携しており、特にGAMESSによるFMO計算の可視化には必要不可欠なアプリである。グラフィカルユーザーインターフェースによる各種入力ファイルの作成、基準振動の動画表示、遷移状態近傍のエネルギー・構造の可視化などが可能。
マキシマムエントロピー法を用いて多体のグリーン関数の解析接続を行なうツール。虚軸上のグリーン関数のデータから実軸上のグリーン関数を求めることができる。様々なタイプのグリーン関数(ボゾン、フェルミオン、異常グリーン関数など)に対応している。
Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデータフォーマットの出力に対応する。非商用の用途には無料でバイナリ配布されている。
Pythonで書かれた電子状態計算プラットフォーム。ユーザーは平均場だけでなく、GW法や結合クラスター法、配置間相互作用法などのポスト平均場を用いたシミュレーションを実行することが可能。BLOCKやLibxcなどの他のソフトウェアへのインターフェイスも提供されている。
原子間の磁気的有効相互作用（交換相互作用やジャロシンスキー・守谷相互作用）を、ワーニエ関数やLCAO計算に基づく第一原理ハミルトニアンから自動計算するためのpythonパッケージ。Wannier90やSiesta, OpenMXで計算されるハミルトニアンを利用することができる。Vampireなどの磁気構造シミュレーターの入力ファイルも生成できる。
文献から化学物質の情報を自動抽出するPythonツール。英語で書かれた論文などから自然言語処理アルゴリズムに基づき、物質名とそれに関連した融点やスペクトルなどの物性情報を抽出できる。