米国立衛生研究所(NIH)の下で2004年より運用され始めた化学物質データベース。小さな分子を主に対象としているが、脂質やペプチドなどの大きな分子のデータも収集されている。構造や物性、毒性などの化合物の性質だけでなく特許や文献情報も含んださまざまな情報を調べることが可能。WebブラウザやPUG REST APIを介したアクセスだけでなくFTPサイトからのデータのダウンロードにも対応している。
化学物質データベースPubChemをPUG REST API経由で取り扱えるPythonラッパー。PubChemにあるデータを化合物名や構造情報から検索することができる。Pandas dataframeとして出力を受け取ることも可能。
文献から化学物質の情報を自動抽出するPythonツール。英語で書かれた論文などから自然言語処理アルゴリズムに基づき、物質名とそれに関連した融点やスペクトルなどの物性情報を抽出できる。
分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, Gaussianなどのアプリと連携しており、特にGAMESSによるFMO計算の可視化には必要不可欠なアプリである。グラフィカルユーザーインターフェースによる各種入力ファイルの作成、基準振動の動画表示、遷移状態近傍のエネルギー・構造の可視化などが可能。
ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道（FMO）計算を高速に行えるソフトウェアです。FMOエネルギー計算では、小規模のサーバからHPCIスパコンまで対応しており（Flat MPIとOpenMP/MPI混成）、詳細な相互作用解析が可能です。特に、「富岳」などのA64FX系スパコン上では、Ver. 2 Rev. 4はVer. 1 Rev. 22より2次摂動（MP2）のFMO計算で3割程高速化されており、1万フラグメントの超大規模系の扱いもできます。
分割統治(DC)法に基づくDFTB (Density Functional Tight Binding)計算アプリケーション。大規模分子の構造最適化や分子動力学シミュレーションを線形スケーリングで実行する。MPIとOpenMPを用いたハイブリッド並列計算により、京コンピュータ上で100万原子系のDFTB電子状態計算が可能。
量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論など、様々な量子化学理論を用いた分子の電子状態計算が可能。GAMESS-USをインテル互換CPU 用に特化させたものであるが、最近発展した計算手法(CC法やFMO法など)は含まれない。
巨大分子の構造モデリングのためのGUIプログラム。fumodelとfuplotの二つのプログラムからなる。前者はFMO in GAMESSの入力データ作成支援機能を含む。後者は、FMO計算結果をグラフ描画するためのソフトウェアである。
X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子実験のデータから物質の格子定数、原子座標を算出するためのソフトウェア。WindowsとLinuxに対応しており、WindowsにおいてはWinPLOTRというグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。