オープンソースのシミュレーション実行管理フレームワーク。計算したいシミュレータを登録することにより、実行時の情報（パラメータ、実行日時、ホスト、シミュレータのバージョン）と計算結果をデータベースに保存する。ジョブの実行や実行情報の閲覧は、ウェブブラウザから効率的に行うことができる。
全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。
分子動力学計算の入力ファイル作成を支援するアプリケーション。原子位置・ボンド情報の手動入力、タンパク質構造データバンクからのファイル読み込み、グラフィカルユーザーインターフェースを利用したデータ編集などが可能。水素分子付加、データの合成など多様な機能を有し、少ないメモリ上で多数の原子の取り扱うことができる。
マキシマムエントロピー法を用いて多体のグリーン関数の解析接続を行なうツール。虚軸上のグリーン関数のデータから実軸上のグリーン関数を求めることができる。様々なタイプのグリーン関数(ボゾン、フェルミオン、異常グリーン関数など)に対応している。
X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子実験のデータから物質の格子定数、原子座標を算出するためのソフトウェア。WindowsとLinuxに対応しており、WindowsにおいてはWinPLOTRというグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も利用できる。
化学組成の情報から安定・準安定構造を予測するアプリケーション。VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA, CP2kなどの第一原理計算アプリケーションの計算結果から、粒子群最適化により構造予測を行う。結晶構造に加えて、クラスタや表面などへも応用されている。
X線・中性子回折実験のリートベルト解析を行うアプリケーション。粉末試料のX線・中性子回折データから格子定数、座標位置を算出する。最大エントロピー 法(MEM)によるパターンフィッティングを特徴としており、乱れた原子配置を持つ物質も効果的に解析可能。WindowsとMacに対応しており、現在も活発に開発が進められている。
密度汎関数理論に基づく第一原理計算アプリケーション(DFTコード)の入力ファイル作成の補助ツール。系の原子構造を3次元コンピュータグラフィックス(3DCG)によって視覚的に確認しながら、基本的な計算パラメータをグラフィカルユーザーインターフェース(GUI) で調整し、多種のDFTコードの入力ファイルを作成できる。DFTコード間の入力ファイルの変換も可能。
SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。