機械学習のためのフリーのライブラリ。多層ニューラルネットワークに基づく機械学習（教師あり学習・教師なし学習）について様々な機能を提供する。データフローグラフを使用しており、複雑なネットワークを分かりやすく記述できる。GPGPU並列計算に対応しており、効率のより大規模データ処理が可能。
擬ポテンシャル法および全電子計算法に対応したオープンソースの第一原理計算ライブラリ。基底としては、ガウス基底、平面波基底、およびそれらの混合基底を用いることができ、大規模並列計算および線形スケーリングに重きをおいた開発が進められている。密度汎関数法やハートリー・フォック法を初めとする、種々の第一原理計算手法に対応する。
量子伝導特性の計算を行うオープンソースのPythonパッケージ。タイトバインディング模型で記述される系のコンダクタンスや電流ノイズ、状態密度などを高速で計算することができる。系の形状を柔軟かつ容易に記述することができ、強磁性状態や超伝導状態、トポロジカル物質やグラフェンなどの取り扱いも可能。
フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。生体分子を含む巨大分子のHF計算やMP2計算などが高速に実行可能。MPI並列に対応しており、研究室レベルのクラスタ計算機からスパコンまで、幅広いシステムで高効率に稼働する。入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも開発されている。
生体分子向けにデザインされたオープンソースの分子動力学パッケージ。たんばく質、脂質、核酸などの生体高分子や溶液・界面系の動力学シュミレーションを行うことができる。温度圧力制御、長距離相互作用計算、自由エネルギー計算等を効率よく行うことができる。並列計算機向けにデザインされているため並列計算も得意とする。
DFT 計算などの一体問題の波動関数・エネルギーから、GW近似やベーテ・サルピータ方程式を用いて、準粒子スペクトルや光学応答を計算するプログラムパッケージ。QuantumESPRESSO など様々なDFT パッケージの出力ファイルに対応する。
医薬品開発・構造生物学用のオープンソースアプリケーション。化合物データベース、蛋白質—薬物ドッキング、薬物スクリーニング、薬物の類似化合物探索、蛋白質の薬物結合サイト予測、分子エディター、溶解度などの物性予測、薬物分子合成容易性予測、マルチカノニカル統計などの熱力学量の計算やGPUやMPIによる並列化も利用できる高速分子動力学計算が可能。
機械学習のためのオープンソースライブラリ。ニューラルネットワークに基づく深層学習に関する様々な機能を提供する。特に画像認識の処理を得意としており、サンプルコードが充実しているほか、学習済みモデルがCaffe Model Zooで公開されている。C++による実装のため高速で動作する。
結晶構造から回折パターンや2体相関分布関数を評価するオープンソースアプリケーション。非一様な物質の数値計算に重点が置かれており、結晶中に欠陥を生成・分布させるための多くのツールを提供する。ナノ粒子のシミュレーションも可能。
オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。