Bilbao Crystallographic Server

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

種々の結晶学に関連するツール群を無料で提供するウェブサーバ。空間群、磁気的空間群、群論、散乱理論などに関連する、70以上のツールからなる。ウェブインターフェースから利用することができる。

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MARBLE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。

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MDACP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。

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PHASE

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

密度汎関数理論に則った平面波基底・擬ポテンシャル法電子状態計算プログラム。未知の物質に対する様々な物性予測のほか、STM像、EELSなどの実験測定を再現することが可能。表面・界面などの長時間の第一原理分子動力学法計算や反応経路解析も行える。ソースコードが公開されており、PC上の小規模計算から大規模並列計算まで可能。

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PyMOL

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, multi-SDFなど30以上のファイル形式をサポートし、レイトレーシングによる描画など高度な可視化も可能。

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REM

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

MODYLAS、AMBER、CHARMMなどの既存の分子動力学シミュレーションソフトにレプリカ交換法の機能を付加するアプリケーション。オリジナルの分子動力学プログラムを変更することなく、容易にレプリカ交換法を実現することができる。京コンピュータで高い並列化性能を示す。

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FPMS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

X線共鳴吸収スペクトルを解析するためのアプリケーション。多重散乱理論を用いることで、エックス線吸収微細構造(XANES)の高精度予測を行うことができる。従来のマフィン-ティン近似による計算がうまくいかない系(SiのK端やSiO2のL端など)でも、良好な結果が得られる。VASPの出力ファイルを利用することが可能。

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ERmod

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

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CLUPAN

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

クラスター展開法を用いた合金モデリング解析のためのプログラムライブラリ。他の電子状態計算ライブラリによって評価した合金系のエネルギーを入力として用い、第一原理計算の精度を損なうことなく原子配置効果を評価する。基底状態の構造、熱力学量の評価、平衡状態図、温度による不規則化などを高い精度で計算する事が可能。

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MolDS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

半経験的量子化学計算アプリケーション。分子動力学計算に力点が置かれており、OpenMP/MPIハイブリッド並列により、大規模計算機クラスターで効率よく並列計算を行うことができる。開発途上であるが、ソースコードはGPLライセンスで公開されている。

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