タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。
平面波基底とノルム保存型擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。BerkeleyGW と高い互換性を持つ。
Pomerolは厳密対角化法をもとに一粒子、二粒子グリーン関数を計算するアプリ。C++で書かれており、MPI+openMPのハイブリッド並列にも対応している。
タイトバインディング法が実装されたPythonパッケージ。様々な模型を柔軟に設定することができ、それらの電子状態やBerry位相をタイトバインディング法によって計算できる。Wannier90で求めたパラメータを使うこともできる。
peps-torch は２次元格子上の量子モデル計算のための python ライブラリである．バウンダリの無い（つまり無限系の）テンソルネットワーク状態（iPEPS）を変分波動関数とした変分法が使われているので，基底状態波動関数がiPEPS を構成する要素テンソルの形で得られる．エネルギーの評価には角転送行列法（CTM）が用いられ，pytorch を介した自動微分によってその最小化が行われる．可換な対称性を保ったままテンソルを操作するための関数／クラスが用意されている．一般の格子やモデルを標準でサポートしていないが，多くの計算実行例がついているので，直接サポートされていない格子やモデルについては，実行例を参考にユーザが比較的容易にソースコードを改変できるようになっている．pytorch がインストールされていることが必要である．
第一原理電子状態計算のプレ・ポスト処理用pythonライブラリ。バンド構造を第一原理計算するためのk点経路の自動生成や、原子種や軌道の寄与度を重ねたバンド構造および状態密度プロットの生成、スピンテクスチャやフェルミ面の可視化、バンドのunfoldingなどが可能。
非線形atomicクラスター展開による原子間力ポテンシャル構築のためのツール。pandasとASEを使ったデータフォーマットを用いるが、VASPの出力ファイルから学習データを自動で抽出することもできる。学習したポテンシャルはLAMMPSに対応しており、分子動力学計算と同時に、出現した構造の学習範囲からの逸脱度合い(extrapolation grade)も計算可能。
実空間基底とノルム保存擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。構造最適化や分子動力学計算、焼きなまし法、分極計算も実装している。
分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。
反対称行列に対して定義されるパフィアン(行列式の平方根)を計算するためのライブラリ。各種言語(Fortran, Python, Matlab, Mathematica)で書かれており、ユーザーは必要に応じて言語を選択することができる。また、C言語用のインターフェースも用意されている。