Protein Data Bank (PDB)

タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法(核磁気共鳴法)などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。

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PARATEC

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

平面波基底とノルム保存型擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。BerkeleyGW と高い互換性を持つ。

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Pomerol

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

Pomerolは厳密対角化法をもとに一粒子、二粒子グリーン関数を計算するアプリ。C++で書かれており、MPI+openMPのハイブリッド並列にも対応している。

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Parsec

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

実空間基底とノルム保存擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。構造最適化や分子動力学計算、焼きなまし法、分極計算も実装している。

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PolyParGen

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。

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PFAPACK

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

反対称行列に対して定義されるパフィアン(行列式の平方根)を計算するためのライブラリ。各種言語(Fortran, Python, Matlab, Mathematica)で書かれており、ユーザーは必要に応じて言語を選択することができる。また、C言語用のインターフェースも用意されている。

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PySCF

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Pythonで書かれた電子状態計算プラットフォーム。ユーザーは平均場だけでなく、GW法や結合クラスター法、配置間相互作用法などのポスト平均場を用いたシミュレーションを実行することが可能。BLOCKやLibxcなどの他のソフトウェアへのインターフェイスも提供されている。

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PMlib

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ソースコードの指定区間の実行時間や通信量を測定するためのオープンソースライブラリ。C/C++ および Fortran のAPI が用意されており、またシリアルプログラムだけでなく、MPI & OpenMP ハイブリット並列プログラムでも利用可能。

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PAICS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。生体分子を含む巨大分子のHF計算やMP2計算などが高速に実行可能。MPI並列に対応しており、研究室レベルのクラスタ計算機からスパコンまで、幅広いシステムで高効率に稼働する。入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも開発されている。

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pymatgen

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

物質解析のためのpythonライブラリ。物質構造に関する柔軟なクラスが整備され、結晶構造や各種物性データを効率よく取り扱うことができる。相図・電位pH図・拡散係数解析を行うことができるほか、バンド構造や状態密度などの電子状態解析も可能。Materials Projectと連動して開発が活発に行われている。

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