第一原理計算ソフトウェアの計算結果から固体のフォノンに関連する物理量を計算するソフトウェア。VASPやWien2kといった第一原理計算ソフトウェアの計算結果を入力とし、フォノン分散、状態密度、比熱、グリュナイゼン定数などを計算することができる。
量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック近似、密度汎関数理論、結合クラスター法、CI法などを用いた量子化学計算を行うことができる。プログラムはC++で書かれているが、Python用のAPIが提供されており、Python上から設定や計算の実行などを行うことができる。
分子シミュレーションのためのオープンソースアプリケーション。古典・第一原理分子動力学法、経路積分法、レプリカ交換法、メタダイナミクス法、ストリング法、サーフェスホッピング法、QM/MM法など多様な手法をサポートする。分子構造（レプリカ）と力場（断熱ポテンシャル）の間での階層的な並列化により、高速かつ高効率な計算が可能。
レイトレーシングを利用した立体感のある可視化を行うアプリケーション。球、立方体など任意の物体の位置と形状が可視化でき、流体計算などで得られる格子上のデータから立体的な可視化をボリュームレンダリングによって行うこともできる。マクロ関数を用いた簡便な3次元立体シミュレータとしての利用も可能。
フラグメント分子軌道法(FMO法)に基づく量子化学計算を行うアプリケーション。生体分子を含む巨大分子のHF計算やMP2計算などが高速に実行可能。MPI並列に対応しており、研究室レベルのクラスタ計算機からスパコンまで、幅広いシステムで高効率に稼働する。入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも開発されている。
物質解析のためのpythonライブラリ。物質構造に関する柔軟なクラスが整備され、結晶構造や各種物性データを効率よく取り扱うことができる。相図・電位pH図・拡散係数解析を行うことができるほか、バンド構造や状態密度などの電子状態解析も可能。Materials Projectと連動して開発が活発に行われている。
生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, multi-SDFなど30以上のファイル形式をサポートし、レイトレーシングによる描画など高度な可視化も可能。
2次元・3次元データの解析・可視化を行うオープンソースアプリケーション。3D表示を利用したインタラクティブな操作による処理と、バッチ処理による処理の双方をサポートしており、デスクトップPCから大規模並列スーパーコンピュータまで対応している。Windows, Mac, Linuxなどの多くの環境で利用可能。
分子動力学計算において、自由エネルギー計算を行うオープンソースライブラリ。Amber やLammps など、主要な分子動力学計算ソフトウェアを幅広くサポートしている。
密度汎関数理論に則った平面波基底・擬ポテンシャル法電子状態計算プログラム。未知の物質に対する様々な物性予測のほか、STM像、EELSなどの実験測定を再現することが可能。表面・界面などの長時間の第一原理分子動力学法計算や反応経路解析も行える。ソースコードが公開されており、ＰＣ上の小規模計算から大規模並列計算まで可能。