Siesta

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

擬ポテンシャル法と原子局在基底を用いたオープンソースの第一原理計算アプリケーション。密度汎関数理論に基づき、広範な系の電子状態計算や構造最適化、分子動力学シミュレーションなどを高速に行うことができる。原子局在基底の採用により高速化を実現し、一部の系に対して線形スケーリングの性能を示す。非平衡グリーン関数法による電子伝導特性の評価も可能。

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CP2K

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

擬ポテンシャル法および全電子計算法に対応したオープンソースの第一原理計算ライブラリ。基底としては、ガウス基底、平面波基底、およびそれらの混合基底を用いることができ、大規模並列計算および線形スケーリングに重きをおいた開発が進められている。密度汎関数法やハートリー・フォック法を初めとする、種々の第一原理計算手法に対応する。

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Rasmol

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Protein Data Bank (PDB)フォーマット用のシンプルなオープンソースの蛋白質可視化アプリケーション。Sybyl, Molden, Mopac, CHARMM等のフォーマットにも対応している。インタラクティブなPDBビュアーとしては比較的初期のものである。

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QuCumber

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

機械学習により測定データから多体波動関数を構成するオープンソースPythonライブラリ。軌道占有数や磁気スピンなどの測定量をトレーニングデータとすることで、測定量を再現するような制限ボルツマン機械で表現される最適な量子状態を見つけることができる。

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QuTiP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

開放量子系のダイナミクスをシミュレーションするオープンソースアプリ。量子光学系・イオントラップ系・超伝導回路系・ナノメカニカル共鳴系などの幅広いハミルトニアンに対応しており、その量子状態の任意の時間発展を評価することができる。Pythonから呼び出すことができ、ユーザーフレンドリーなインターフェイスを有する。

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MateriApps Installer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。

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snake-dmrg

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

密度行列繰り込み群(DMRG)法を用いた一次元多体電子系のモデル計算を行うオープンソースアプリケーション。一次元量子系や不純物系の有効モデルについて、基底状態に関する物理量だけでなく、実時間発展や有限温度物理量も取り扱うことができる。プログラム本体はC++で記述されており、MATLABスクリプトによって呼ぶことができる。

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GASP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。

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GENESIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。

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QMCSGF

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

確率的グリーン関数法に基づいた経路積分モンテカルロ計算を行うアプリケーション。拡張ボーズハバード模型やハイゼンベルグ模型の、有限外場有限温度での計算が行える。JSON やYAML による簡便な入出力が可能。

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