COMmon Bayesian Optimization Library (COMBO)

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

機械学習で使われるベイズ最適化のPythonライブラリ。データ数に対して線形に計算コストが増大するので、大きな特徴空間でベイズ最適化を行うことが可能。ハイパーパラメータは第二種最尤推定に基づいてデータから自動的に学習される。

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Pomerol

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

Pomerolは厳密対角化法をもとに一粒子、二粒子グリーン関数を計算するアプリ。C++で書かれており、MPI+openMPのハイブリッド並列にも対応している。

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ComDMFT

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

相関物質の電子状態を研究するための大規模並列計算パッケージ。quasiparticle self-consistent GW法と動的平均場近似(DMFT)に基づいたパラメータフリーの第一原理計算をすることができる。

 

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CIF2Cell

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

CIF形式の結晶構造のデータファイルから第一原理計算アプリのインプットファイルの結晶構造部分を生成するツール。ABINITやQuantum Espresso、VASPなど様々な第一原理計算コードに対応している。

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HRC Experiment Support Web tools

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆
J-PARCの物質・生命科学実験施設に設置された中性子散乱装置HRCで実験を行う際のサポートツール。HRCでの中性子非弾性散乱でアクセスできるQ-ωスペースを可視化したり、結晶の方位を決定するためのツールを揃えている。
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NCON

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

テンソルネットワークの縮約処理についてのMATLAB関数。入力としてはテンソルネットワークとネットワークを単一のテンソルまたは数に縮約する方法を記述した縮約列を受け取る。出力としては単一のテンソルまたは数を返す。この関数はプレプリントのソースをダウンロードする事で入手可能。

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QtDraw

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

分子・結晶のための3D描画ソフト。原子軌道やポリゴン、スプライン曲線などの3Dオブジェクトを描画できる。MultiPieと連携することで、対称操作や既約表現を考慮した描画も行える。Pythonコードから呼び出すことも可能。

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Bader Charge Analysis

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子や固体の電子密度を各原子に帰属するBader解析を行うツール。LinuxとmacOS向けのバイナリ、及びソースコードがGPLライセンスで配布されている。プログラムはfortran90で記述されており、VASPのCHGCARフォーマットおよびGaussian Cubeフォーマットの電子密度データファイルに対応している。

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Facio

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, Gaussianなどのアプリと連携しており、特にGAMESSによるFMO計算の可視化には必要不可欠なアプリである。グラフィカルユーザーインターフェースによる各種入力ファイルの作成、基準振動の動画表示、遷移状態近傍のエネルギー・構造の可視化などが可能。

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ABINIT-MP

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道(FMO)計算を高速に行えるソフトウェアです。FMOエネルギー計算では、小規模のサーバからHPCIスパコンまで対応しており(Flat MPIOpenMP/MPI混成)、詳細な相互作用解析が可能です。特に、「富岳」などのA64FX系スパコン上では、Ver. 2 Rev. 4Ver. 1 Rev. 22より2次摂動(MP2)のFMO計算で3割程高速化されており、1万フラグメントの超大規模系の扱いもできます。

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