PyProcar

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

第一原理電子状態計算のプレ・ポスト処理用pythonライブラリ。バンド構造を第一原理計算するためのk点経路の自動生成や、原子種や軌道の寄与度を重ねたバンド構造および状態密度プロットの生成、スピンテクスチャやフェルミ面の可視化、バンドのunfoldingなどが可能。

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PolyParGen

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算のOPLS力場を自動的に生成する無料のwebアプリ。特に高分子、複雑な架橋構造、官能基のついたフラーレンやグラフェン、環状分子などのOPLS-AAパラメータを無料で作成できる。実行終了後に生成されたOPLS-AAパラメータがGromacs形式で出力され、ユーザの元に自動的に送られる。

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PARATEC

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

平面波基底とノルム保存型擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。BerkeleyGW と高い互換性を持つ。

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Protein Data Bank (PDB)

タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法(核磁気共鳴法)などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。

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