オープンアクセスの結晶構造データベースサイト。有機物・無機物・金属有機化合物・鉱物などの結晶構造データを入手することができる。2017年時点でおよそ40万種の物質構造データを公開している。Web上のグラフィカルユーザーインターフェイスで3次元構造を可視化することも可能。
タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。
OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ＆ドロップするだけで構造を可視化することができます。
xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。
平面波基底とノルム保存型擬ポテンシャル法に基づいた並列DFT 計算ソフトウェア。BerkeleyGW と高い互換性を持つ。
高分子や無機材料などの構造・物性に関する材料データベース。物質・材料研究機構が運営を行っており、材料の結晶構造、種々の物性値、相図などのデータをウェブベースのユーザーインタフェースにより提供している。高分子や無機材料のデータベースの他、状態図や電子構造の計算データベースも提供する。無料であるが、要登録。
物質材料の第一原理計算結果のデータベース。結晶構造、バンド構造、熱力学量、相図、磁気モーメントなどを提供する。Duke大学の研究グループが運営を行っており、ホイスラー合金のデータが特に充実している。ウェブベースのユーザーインタフェースに加えて、httpベースのAPIも提供されており、ユーザ独自のスクリーニングが可能。登録無しに利用可能。