Meep

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

有限差分時間領域法(FDTD法)による電磁場シュミレーションを行うオープンソースアプリケーション。1,2,3次元直交座標および円柱座標で記述される系の電磁場の時間発展を計算でき、境界条件や誘電率・透磁率を変えることが可能。本体はC++で記述されており、Pythonから呼び出すことができる。

アプリ詳細へ

MICRESS

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

フェーズフィールド法による合金組織形成シミュレーションを行うアプリケーション。多相合金系の凝固や固相変態、結晶成長の動力学などを取り扱うことができる。相図の計算や熱力学量計算アプリとの組み合わせによって、任意の様々な熱力学データの計算も可能。

アプリ詳細へ

Missing

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

X線スペクトル解析で重要となる原子の多重項計算を行うアプリケーション。複数の計算モジュールとグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)からなる。遷移金属化合物で特に重要となる結晶場や電荷移動の効果を取り入れることができ、内殻電子が関わる各種X線分光の実験結果を解釈する際に上で重要な情報を得ることができる。

アプリ詳細へ

Mm2cML

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル(CMLフォーマット)を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。

アプリ詳細へ

MMSP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

グリッドデータを利用したメゾスケールの物性計算のためのC++インターフェース集。提供されるヘッダファイルを用いて、モンテカルロ法、セルラーオートマトン、フェーズフィールド法などによる凝固・粒界成長やスピノダル分解のプログラムを容易に構築できる。MPI並列計算に対応し、ParaViewなどの可視化ソフト用の出力ファイルも作成可能。

アプリ詳細へ

MODYLAS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。

アプリ詳細へ

Molcas

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。SCF/DFT法、CASSCF/RASSCF法、CASPT2/RASPT2法により基底状態や励起状態の計算が可能であるが、特に励起状態のポテンシャルエネルギー面の計算用に設計されている。高速、高精度、頑強なコードとなっており、ソースは公開されている。

アプリ詳細へ

Molden

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。

アプリ詳細へ

MolDS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

半経験的量子化学計算アプリケーション。分子動力学計算に力点が置かれており、OpenMP/MPIハイブリッド並列により、大規模計算機クラスターで効率よく並列計算を行うことができる。開発途上であるが、ソースコードはGPLライセンスで公開されている。

アプリ詳細へ

Molekel

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子モデリング・可視化のためのオープンソースアプリケーション。Gaussian、GAMESS、ADF、Molden形式に対応しており、分子表面の可視化に、軌道、電子密度、溶媒接触表面、ファンデアワールス半径といった多様な描画形式がある。高速、高品質なレンダリング技術を搭載し、Windows、Mac、Linux上で動作する。

アプリ詳細へ