X線スペクトル解析で重要となる原子の多重項計算を行うアプリケーション。複数の計算モジュールとグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)からなる。遷移金属化合物で特に重要となる結晶場や電荷移動の効果を取り入れることができ、内殻電子が関わる各種X線分光の実験結果を解釈する際に上で重要な情報を得ることができる。
モーメント・テンソルポテンシャルを実装するソフトウェアパッケージ。ポテンシャルの学習および学習済みのポテンシャルを用いたLAMMPSによる分子動力学計算が実行可能。分子動力学計算と組み合わせた能動学習も利用可能。
分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル（CMLフォーマット）を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。
グリッドデータを利用したメゾスケールの物性計算のためのC++インターフェース集。提供されるヘッダファイルを用いて、モンテカルロ法、セルラーオートマトン、フェーズフィールド法などによる凝固・粒界成長やスピノダル分解のプログラムを容易に構築できる。MPI並列計算に対応し、ParaViewなどの可視化ソフト用の出力ファイルも作成可能。
任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。
非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。SCF/DFT法、CASSCF/RASSCF法、CASPT2/RASPT2法により基底状態や励起状態の計算が可能であるが、特に励起状態のポテンシャルエネルギー面の計算用に設計されている。高速、高精度、頑強なコードとなっており、ソースは公開されている。
量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。
半経験的量子化学計算アプリケーション。分子動力学計算に力点が置かれており、OpenMP/MPIハイブリッド並列により、大規模計算機クラスターで効率よく並列計算を行うことができる。開発途上であるが、ソースコードはGPLライセンスで公開されている。
分子モデリング・可視化のためのオープンソースアプリケーション。Gaussian、GAMESS、ADF、Molden形式に対応しており、分子表面の可視化に、軌道、電子密度、溶媒接触表面、ファンデアワールス半径といった多様な描画形式がある。高速、高品質なレンダリング技術を搭載し、Windows、Mac、Linux上で動作する。
有償の第一原理量子化学計算アプリケーション。ハートリー-フォック(HF)近似、密度汎関数法のほか、多くのpost-HF計算手法(MP法、f12法、多配置SCF法、結合クラスター法など)による分子軌道計算を行う。経路積分インスタントン法や量子モンテカルロ法、密度行列くりこみ群法なども実装している。