NequIP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

E(3)-同変グラフニューラルネットワークを用いた機械学習ポテンシャルを構築し、利用するためのオープンソースソフトウェア。aseで読み込み可能な構造ーエネルギー・原子間力データを用いた学習が可能。学習済みのポテンシャルを用いてLAMMPSによる分子動力学計算を行うことができる。

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cdview

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

多粒子系の可視化を行うオープンソースアプリケーション。分子動力学計算で得られた粒子配置やポテンシャルエネルギーなどの3次元スカラー量の情報を、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)やコマンドラインによる操作で比較的容易に可視化することができる。多様な粒子種や回転楕円体の表示オプションがあり、粒子間ボンド形成の可視化も可能。

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Inelastica

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

SIESTA, TranSIESTAのためのプレ・ポスト処理アプリケーション。フォノンの振動数や、電子・フォノンカップリング、非弾性散乱によるコンダクタンスへの影響を計算することができる。また、SIESTAが出力するハミルトニアンにアクセスするためのPythonインターフェースを提供する。

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ERmod

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

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TURBOMOLE

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行う有償のアプリケーション。RI近似の導入により電子状態計算が高速化されており、基底状態だけではなく励起状態をfull RPA、TDDFT、CIS(D)、CC2、ADC(2)など様々な精度の方法論により計算できる。赤外分光、可視・紫外分光、ラマン分光、円二色性スペクトルなどの分光データの評価が可能。

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RSPACE

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

実空間差分法と擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算プログラム。表面・界面やクラスタ、ナノ構造などの結晶の周期性がない系において高速・高精度の電子状態計算を行うことができる。ナノ構造の半導体デバイスや表面・界面反応などの大規模計算が可能であり、半無限境界条件下での輸送特性計算や空間分割法による超高並列計算も可能。

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SHRY

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

CIFファイルに記載された原子のサイト占有率に基づいて、指定したスーパーセルでの結晶構造を求めるpythonツール。対称性の観点から非等価な結晶構造を網羅的かつ過不足なく求められる。コマンドラインツールとしても他のPythonスクリプト上のモジュールとしても利用できる。

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Atomistix Toolkit (ATK)

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非平衡グリーン関数法を用いた有償の電子輸送計算アプリケーション。SIESTAの流れを汲んでおり、有限バイアス下の電子状態計算を行うことで、電極間の分子やバルク系の電気伝導特性を計算する。密度汎関数法と半経験的手法のいずれかを選ぶことができ、ゲート電圧等の外部因子を設定できる。構造最適化や反応経路解析の機能も有する。

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kmos

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

格子動的モンテカルロ法に対応したモデルを指定し、実行するためのアプリケーション。不均一触媒のシミュレーション向けに開発されている。Pythonに対応したAPIを介して利用する。簡易なGUIも同梱する。

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LOBSTER

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

電子軌道間の化学結合性を評価するCOHP (crystal orbital Hamilton population)およびCOOP (crystal orbital overlap population)を第一原理計算の結果から計算するポストプロセスツール。VASP、ABINITおよびQunantum ESPRESSOに対応する。独自のアカデミックライセンスのもとで提供されている。

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