PubChemPy

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

化学物質データベースPubChemをPUG REST API経由で取り扱えるPythonラッパー。PubChemにあるデータを化合物名や構造情報から検索することができる。Pandas dataframeとして出力を受け取ることも可能。

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TurboGenius

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

第一原理モンテカルロ法パッケージ TurboRVBに実装された機能をPython経由で制御・実行できるPythonラッパー。ワークフロー管理アプリであるTurboWorkflowsと組み合わせることにより、ハイスループット計算を実行することもできる。

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Matbench Discovery

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

汎用機械学習ポテンシャルを評価するためのベンチマークフレームワークおよび、その評価に基づくリーダーボード。物質の生成エネルギーや、構造緩和の精度、熱伝導度の予測精度を総合的に勘案した評価をもとに順位付けを行っている。最近では大学などの公的研究機関に加えて、Meta、Microsoft、Googleなどの大企業も汎用ポテンシャルの開発に参画し、リーダーボードの上位を賑わしている。

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MoleditPy

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

有機化合物の設計に最適化されたPython製オープンソース分子エディタ。RDKitとPyVistaを基盤とし、2D構造式から3Dモデルへのシームレスな変換と高度な可視化が可能。柔軟なプラグインシステムも導入されているため、GaussianやORCAの入力生成、ESPマッピング、配座探索といった専門機能に加え、ユーザは独自な機能を開発できる。

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PySCF

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Pythonで書かれた電子状態計算プラットフォーム。ユーザーは平均場だけでなく、GW法や結合クラスター法、配置間相互作用法などのポスト平均場を用いたシミュレーションを実行することが可能。BLOCKやLibxcなどの他のソフトウェアへのインターフェイスも提供されている。

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DC

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

量子化学計算ソフトウェアGAMESSと合わせて配布されている電子状態計算ソフトウェア。エネルギー密度解析と分割統治法(DC法)を組み合わせる事で、電子相関を含む精度の高い量子化学計算が短時間で実行できる。スーパーコンピュータを使う事で、これまで困難だった多数の原子を含むナノ構造体の超高精度計算も可能。

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Firefly

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。ハートリー-フォック理論、密度汎関数理論、多体摂動論、配位間相互作用理論など、様々な量子化学理論を用いた分子の電子状態計算が可能。GAMESS-USをインテル互換CPU 用に特化させたものであるが、最近発展した計算手法(CC法やFMO法など)は含まれない。

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MateriApps Installer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。

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NTChem

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子科学計算のためのアプリケーション。既存アプリケーションの機能をカバーしつつ、他のプログラムで利用することのできない多くの量子化学計算手法を実装している。数千原子分子系に対する第一原理電子状態計算や数百原子分子系の化学反応過程追跡計算を行うことができ、京コンピュータなどの超並列計算機を利用した高効率並列計算も可能。

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SMASH

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

オープンソースの大規模並列量子化学計算ソフトウェア。ナノサイズ分子のエネルギー及び最適化構造を、分割せずにまるごと計算することが可能。利用できる環境は「京」コンピュータからPCまでで、シンプルなインプット、実行方法が特徴。さらに、頻繁に用いられるルーチンを容易に抜き出せるプログラム構造になっている。

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